作者liturtle (超屌师大附友会)
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标题Re: [问题] 请问版上高手 蛋白质预测的问题
时间Mon Jun 16 17:29:12 2008
原文恕删~~~
我想我的疑问没有被解答
就直接回文来讨论一下吧
我这边认为的蛋白质预测
是指 丢入蛋白质的胺基酸序列给软体
"预测"出他的"三级"结构
那麽如果是一开始就有PDB档 就代表他的结构已经被解出
打开里面就可以看到坐标
丢到类似PYMOL 或是 CHIME 之类的软体 即可以"秀出"结构立体图
但这些都不是"预测"吧 因为结构都已经解出来 座标都被标定了 怎样能算是预测?
另外DSSP我知道
我们做的结构比对软体基本上就是利用他来做training
不过这个程式也是需要PDB档 这样也不算是预测吧
最後
我当然了解二级结构需要被预测
但我指的是 现在要算出二级的软体很多
但是要"预测"出"三级结构"的其实几乎没有
PS.以上问题 都要在我们认为的"预测"定义相同 才可以成立
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曾经有一碗热腾腾又好吃的叉烧饭摆在我面前
我却没有去吃她
直到吃不到了才感到後悔莫及
如果能有一个机会让我在遇到她
我一定会.吃.光.光.
http://www.wretch.cc/blog/kyo0059
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.114.98.92
1F：推 nightcatman:他讲的是homology modeling, 和你讲的并没有冲突 06/16 18:15
2F：→ liturtle:收到~ 如果他讲的是modeling的事情我就比较理解了~ 感谢! 06/16 18:29
4F：→ nightcatman:ab-initio是最後不得已才做的事... 06/16 18:31
5F：→ liturtle:恩恩 这我知道 感谢 只是我这边倾向於认为如果要使用到 06/16 18:34
6F：→ liturtle:homology做预测绝对没问题 但是对於novel protein 也就是 06/16 18:35
7F：→ liturtle:没什麽homology的protein 就很难了 06/16 18:36
8F：→ liturtle:我想是我一开始没有提到这点 先跟大家说抱歉~ 06/16 18:36