作者starcloud (傷心嗎?)
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標題Re: [問題] 有沒有程式可以從distance matrix作tree
時間Tue Jun 10 03:11:51 2008
※ 引述《afra33 (豆豆)》之銘言：
: 現在手上已經有distance matrix了
: 不知道有沒有什麼程式可以從distance matrix
: 去做出phylogeny tree?
: 我試過phylip的 NEIGHBOR
: 不過...她的結果我覺得有點奇怪，
: (更重要的是他的output很醜....)
: 因為不常用phylip目前還不知道是什麼問題
: 想請問各位大大
: 除了neighbor之外還有沒有什麼程式可以做呢？
MATLAB 是很好用的數學工具
他有許多Cluster的方法
你可以試試看用 hierarchical clustering
來處理
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.114.214.30
1F：→ lingon:不記得Matlab有tree display, phylip 網路板的parsing有 06/10 08:02
2F：→ lingon:點問題, 可能你input的時候沒有parse好 06/10 08:03
3F：推 afra33:Matlab...完全沒用過耶 有這麼容易上手嗎？ 06/10 11:34
4F：→ afra33:回一樓 我是已經拿到output結果 沒有error (當然是try很多 06/10 12:00
5F：→ afra33:次以後....^^||) 只是我覺得結果有點醜 06/10 12:00
6F：→ lingon:只是要畫圖的話, google一下網路上很多免費軟體 06/10 12:16
7F：推 body:matlab bioinformatics有clustering，可以畫distance tree 06/12 16:05