作者starcloud (伤心吗?)
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标题Re: [问题] 有没有程式可以从distance matrix作tree
时间Tue Jun 10 03:11:51 2008
※ 引述《afra33 (豆豆)》之铭言：
: 现在手上已经有distance matrix了
: 不知道有没有什麽程式可以从distance matrix
: 去做出phylogeny tree?
: 我试过phylip的 NEIGHBOR
: 不过...她的结果我觉得有点奇怪，
: (更重要的是他的output很丑....)
: 因为不常用phylip目前还不知道是什麽问题
: 想请问各位大大
: 除了neighbor之外还有没有什麽程式可以做呢？
MATLAB 是很好用的数学工具
他有许多Cluster的方法
你可以试试看用 hierarchical clustering
来处理
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.114.214.30
1F：→ lingon:不记得Matlab有tree display, phylip 网路板的parsing有 06/10 08:02
2F：→ lingon:点问题, 可能你input的时候没有parse好 06/10 08:03
3F：推 afra33:Matlab...完全没用过耶 有这麽容易上手吗？ 06/10 11:34
4F：→ afra33:回一楼 我是已经拿到output结果 没有error (当然是try很多 06/10 12:00
5F：→ afra33:次以後....^^||) 只是我觉得结果有点丑 06/10 12:00
6F：→ lingon:只是要画图的话, google一下网路上很多免费软体 06/10 12:16
7F：推 body:matlab bioinformatics有clustering，可以画distance tree 06/12 16:05