作者realism ()
看板BioMedInfo
標題Re: [轉錄][求救]如何有效尋找兩個已知蛋白interac …
時間Mon Jun 9 19:25:58 2008
也可以試試看text-mining導向的PPI database 如:iHOP
http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/ 他會直接去抓paper裡頭的名詞跟動詞
或許可以縮小你搜索的範圍
※ 引述《hajimels (阿一)》之銘言：
: ※ 引述《huggie (huggie)》之銘言：
: : 作者: sweetE (sweetE) 看板: Biotech
: : 標題: [求救]如何有效尋找兩個已知蛋白interaction的文獻
: : 時間: Sun Jun 8 14:16:39 2008
: : 由於要預測 A蛋白是否會與"p38" interaction
: : 得先蒐集所有已知 p38 interaction protein分別與p38作用的位置
: : 再去分析A蛋白與p38作用的可能性
: : 所以必須找到這些已經發表過的論文
: : 不過與p38 interaction的蛋白蠻多的
: : 而在找尋這些論文 有些困難
: : 關鍵字如果打 p38 ; interaction 也找不太到
: : (可能內文用詞不是用interaction;也可能是在講別的protein interaction)
: : 如果先利用database 查詢哪些蛋白會與p38 interaction 例如有ATF-2
: : 找PAPER的時候 關鍵字我就打 p38 ; ATF-2
: : 則會出現一些證明他們是同一個pathway的 找不到直接證明有interaction的paper
: : 由於ATF-2是p38的substrate
: : 於是我在關鍵字打了 p38 ; ATF-2 ; substrate
: : 可能會找到證明他們會binding的paper
: : 結果也沒有~
: : 有沒有達人 可以教我如何有效率的找到這些paper!!!!!!!
: : Help!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
: 我剛有看到推文中有提到HPRD，它的確是一個解決方案
: 不過我在這邊另外可以再提供一個網站
: APID2NET (http://bioinfow.dep.usal.es/apid/apid2net.html)
: 它收集的databases及species可以在左側 "Statistics" 這邊看到
: 簡單一點的搜詢方法(建議)
: 先至Swisspro找到你有興趣gene轉譯出來的Protein ID
: (e.g. 原po想找的p38 = MK14_HUMAN )
: 再來點左側 "Search"後，輸入Protein ID
: Results將以table方式呈現，第二個Column為Interaction的數目，點數字可看details
: 其中 就有 MK14_HUMAN - ATF2_HUMAN的關係了
: EXPERIMENTS那個column裡的數字便是references，點進去就是你要的paper了
: Pathway: http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway?hsa04010+1432 (KEGG)
: p.s. 若是在本板有在玩Cytoscape的板友可以安裝他的plugin
: 可以輕鬆的search並把有興趣的PPI呈現出來
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