作者realism ()
看板BioMedInfo
标题Re: [转录][求救]如何有效寻找两个已知蛋白interac …
时间Mon Jun 9 19:25:58 2008
也可以试试看text-mining导向的PPI database 如:iHOP
http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/ 他会直接去抓paper里头的名词跟动词
或许可以缩小你搜索的范围
※ 引述《hajimels (阿一)》之铭言：
: ※ 引述《huggie (huggie)》之铭言：
: : 作者: sweetE (sweetE) 看板: Biotech
: : 标题: [求救]如何有效寻找两个已知蛋白interaction的文献
: : 时间: Sun Jun 8 14:16:39 2008
: : 由於要预测 A蛋白是否会与"p38" interaction
: : 得先蒐集所有已知 p38 interaction protein分别与p38作用的位置
: : 再去分析A蛋白与p38作用的可能性
: : 所以必须找到这些已经发表过的论文
: : 不过与p38 interaction的蛋白蛮多的
: : 而在找寻这些论文 有些困难
: : 关键字如果打 p38 ; interaction 也找不太到
: : (可能内文用词不是用interaction;也可能是在讲别的protein interaction)
: : 如果先利用database 查询哪些蛋白会与p38 interaction 例如有ATF-2
: : 找PAPER的时候 关键字我就打 p38 ; ATF-2
: : 则会出现一些证明他们是同一个pathway的 找不到直接证明有interaction的paper
: : 由於ATF-2是p38的substrate
: : 於是我在关键字打了 p38 ; ATF-2 ; substrate
: : 可能会找到证明他们会binding的paper
: : 结果也没有~
: : 有没有达人 可以教我如何有效率的找到这些paper!!!!!!!
: : Help!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
: 我刚有看到推文中有提到HPRD，它的确是一个解决方案
: 不过我在这边另外可以再提供一个网站
: APID2NET (http://bioinfow.dep.usal.es/apid/apid2net.html)
: 它收集的databases及species可以在左侧 "Statistics" 这边看到
: 简单一点的搜询方法(建议)
: 先至Swisspro找到你有兴趣gene转译出来的Protein ID
: (e.g. 原po想找的p38 = MK14_HUMAN )
: 再来点左侧 "Search"後，输入Protein ID
: Results将以table方式呈现，第二个Column为Interaction的数目，点数字可看details
: 其中 就有 MK14_HUMAN - ATF2_HUMAN的关系了
: EXPERIMENTS那个column里的数字便是references，点进去就是你要的paper了
: Pathway: http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway?hsa04010+1432 (KEGG)
: p.s. 若是在本板有在玩Cytoscape的板友可以安装他的plugin
: 可以轻松的search并把有兴趣的PPI呈现出来
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