作者MrCAKE (Keep Working)
看板BioMedInfo
標題[問題] 非模式物種的Synteny
時間Sat Jun 7 17:53:04 2008
目前手邊有一段DNA序列 約100Kb
想和其他物種之間的相似區域做Synteny的比較
但在皆非模式生物的情況下(一些online工具通常都是針對人、老鼠或其他模式生物)
請問有何較方便的方法可以進行分析呢
希望有經驗的版友提供經驗
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.60.201
1F：推 nightcatman:你需要的是大尺度的序列比對軟體, 這有很多 06/07 18:58
2F：→ nightcatman:我以前用過Mummer和pattern hunter,還有國產的FLAG, 06/07 19:00
3F：→ nightcatman:不過這些都很久了,剛隨手找到一個M-GCAT你看看合不合 06/07 19:01
4F：→ nightcatman:BMC Bioinformatics 2006, 7:433 06/07 19:02
5F：→ nightcatman:看一下fig 3和 fig 4是不是你要的東西 06/07 19:04
6F：推 nightcatman:另外其實最基本的BLAST+Artemis(ACT)也能做,只是很慢 06/07 19:10
7F：→ MrCAKE:多謝!!! 我試試 06/09 13:07