作者MrCAKE (Keep Working)
看板BioMedInfo
标题[问题] 非模式物种的Synteny
时间Sat Jun 7 17:53:04 2008
目前手边有一段DNA序列 约100Kb
想和其他物种之间的相似区域做Synteny的比较
但在皆非模式生物的情况下(一些online工具通常都是针对人、老鼠或其他模式生物)
请问有何较方便的方法可以进行分析呢
希望有经验的版友提供经验
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.60.201
1F：推 nightcatman:你需要的是大尺度的序列比对软体, 这有很多 06/07 18:58
2F：→ nightcatman:我以前用过Mummer和pattern hunter,还有国产的FLAG, 06/07 19:00
3F：→ nightcatman:不过这些都很久了,刚随手找到一个M-GCAT你看看合不合 06/07 19:01
4F：→ nightcatman:BMC Bioinformatics 2006, 7:433 06/07 19:02
5F：→ nightcatman:看一下fig 3和 fig 4是不是你要的东西 06/07 19:04
6F：推 nightcatman:另外其实最基本的BLAST+Artemis(ACT)也能做,只是很慢 06/07 19:10
7F：→ MrCAKE:多谢!!! 我试试 06/09 13:07