作者huggie (huggie)
看板BioMedInfo
標題[轉錄][軟體] 還蠻好用的PowerBlast
時間Thu Jun 5 17:55:58 2008
※ [本文轉錄自 Biotech 看板]
作者: enisx (東方有比目魚,不比不行) 站內: Biotech
標題: [軟體] 還蠻好用的PowerBlast
時間: Thu Jun 5 16:11:19 2008
網址:
http://www.bio-soft.net/format/PowerBlast.htm
因為要將超多條的DNA序列與實驗室已有的序列庫比對,
一條一條分別丟2blast實在會要人命..
後來找的這個工具,初步玩了一下算是好用,
我可以將我們實驗室已有的序列庫以fasta格式寫在一個txt檔內,
然後將之載入,
如此一來我就可以在自己電腦裡blast了...無論是單條blast或是批次多條blast
都快多了..^_^
另外,它也可以比對protein序列.. 推薦給大家玩玩看!
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◆ From: 140.112.72.230
1F：推 huggie:借轉 BioMedInfo 06/05 17:55
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◆ From: 140.129.160.62
2F：→ windincloud:原本的NCBI 給的blast也可以直接在自己電腦跑呀 XD 06/05 18:13
3F：推 nightcatman:對啊 架個linux sever想跑啥都行 自動丟序列自動parse 06/05 21:02
4F：→ nightcatman:進資料庫,有需要的話可以再寫個web界面去取資料 06/05 21:02
5F：→ huggie:我記得 NCBI 還有個程式是可以在linux下跑 blast NCBI db 06/05 21:15
6F：→ huggie:忘了叫什麼了 06/05 21:15
7F：→ windincloud:樓上是說web blast還是做資料庫的formatdb? 06/05 21:38
8F：→ huggie:都不是耶. 06/05 22:07
9F：→ huggie:不用自己formatdb, 因為 db 就遠端 ncbi 的 06/05 22:07
10F：→ huggie:那程式吃你提供給他的 fasta 檔案，然後就送出去query 06/05 22:08
11F：→ huggie:command line 介面的 06/05 22:08
12F：→ huggie:回來的檔案也很正常..就一般 blast output 06/05 22:09
13F：推 tear2001:推formatdb.......真的很好用 06/05 23:42
14F：推 nightcatman:那個叫netblast (network-client BLAST), 在NCBI ftp 06/06 00:07
15F：→ nightcatman:上面可以下載安裝,也有readme 06/06 00:07