作者huggie (huggie)
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标题[转录][软体] 还蛮好用的PowerBlast
时间Thu Jun 5 17:55:58 2008
※ [本文转录自 Biotech 看板]
作者: enisx (东方有比目鱼,不比不行) 站内: Biotech
标题: [软体] 还蛮好用的PowerBlast
时间: Thu Jun 5 16:11:19 2008
网址:
http://www.bio-soft.net/format/PowerBlast.htm
因为要将超多条的DNA序列与实验室已有的序列库比对,
一条一条分别丢2blast实在会要人命..
後来找的这个工具,初步玩了一下算是好用,
我可以将我们实验室已有的序列库以fasta格式写在一个txt档内,
然後将之载入,
如此一来我就可以在自己电脑里blast了...无论是单条blast或是批次多条blast
都快多了..^_^
另外,它也可以比对protein序列.. 推荐给大家玩玩看!
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.72.230
1F：推 huggie:借转 BioMedInfo 06/05 17:55
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.160.62
2F：→ windincloud:原本的NCBI 给的blast也可以直接在自己电脑跑呀 XD 06/05 18:13
3F：推 nightcatman:对啊 架个linux sever想跑啥都行 自动丢序列自动parse 06/05 21:02
4F：→ nightcatman:进资料库,有需要的话可以再写个web界面去取资料 06/05 21:02
5F：→ huggie:我记得 NCBI 还有个程式是可以在linux下跑 blast NCBI db 06/05 21:15
6F：→ huggie:忘了叫什麽了 06/05 21:15
7F：→ windincloud:楼上是说web blast还是做资料库的formatdb? 06/05 21:38
8F：→ huggie:都不是耶. 06/05 22:07
9F：→ huggie:不用自己formatdb, 因为 db 就远端 ncbi 的 06/05 22:07
10F：→ huggie:那程式吃你提供给他的 fasta 档案，然後就送出去query 06/05 22:08
11F：→ huggie:command line 介面的 06/05 22:08
12F：→ huggie:回来的档案也很正常..就一般 blast output 06/05 22:09
13F：推 tear2001:推formatdb.......真的很好用 06/05 23:42
14F：推 nightcatman:那个叫netblast (network-client BLAST), 在NCBI ftp 06/06 00:07
15F：→ nightcatman:上面可以下载安装,也有readme 06/06 00:07