作者david31408 (希望你沒事)
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標題Re: [問題] Construct Phylogenic Tree
時間Wed Jun 4 15:34:40 2008
1F：推 nightcatman:我是認為不用吧 為什麼你會認為需要呢? 06/03 23:09
2F：→ david31408:看他的個別演變的情形? 06/03 23:14
3F：推 nightcatman:如果你也有這個目的的話當然可以放...總之看目的而定 06/03 23:29
4F：推 tear2001:it's perfect, you do not need out-group..... 06/03 23:43
5F：→ tear2001:well, I am not good in virus evolution.... 06/03 23:44
6F：推 nightcatman:OK 說明一下 對於virus和bacteria這種演化快速的東西, 06/03 23:48
7F：→ nightcatman:取樣的時間先後和演化的時間先後並沒有絕對的關係, 所 06/03 23:49
8F：→ nightcatman:以如果只是要分類看遠近關係(不含時間軸)就不用放out 06/03 23:50
9F：→ nightcatman:group, 此時會是unrooted tree. 但如果要加進時間軸上 06/03 23:51
10F：→ nightcatman:的關係, 就可以加進outgroup,然後以此當作root,就可以 06/03 23:52
11F：→ nightcatman:得到含有時間軸訊息的rooted tree 06/03 23:52
12F：→ david31408:謝謝 我了解了^^ 06/04 01:03
13F：推 Russ:就 tree 的定義來說 即使拉出了外群 通常還是 unrooted tree 06/04 09:41
14F：→ Russ:尤其如果是建立 ultramatric tree 的話 ...... 小小的意見 06/04 09:42
15F：推 Russ:這個例子其實想看的應該是 clustering 並不是 evolution 06/04 09:47
16F：→ Russ:拉一個 outgroup 進來有時反而會礙事 ... 06/04 09:49
17F：推 realism:我也覺得用MSA-->cluster耶 可以問一下你使用時麼軟體畫嗎 06/04 09:55
18F：推 nightcatman:不不 我講的和Russ講的不是同一件事,我說的是用NJ之類 06/04 10:18
19F：→ nightcatman:的先建一個unrooted tree,此時和molecular clock無關, 06/04 10:19
20F：→ nightcatman:也不是ultramatric tree, 在這情況下就類似clustering 06/04 10:21
21F：→ nightcatman:,只能得到彼此距離關係而不知時間先後,但此時若以預先 06/04 10:25
22F：→ nightcatman:加入的outgroup為root把整個tree拉起,就可以得到時間 06/04 10:27
23F：→ nightcatman:上的先後關係了 06/04 10:29
24F：推 nightcatman:剛發現wiki上Neighbor-joining這頁有提到一點這樣的概 06/04 10:32
25F：→ nightcatman:念,有興趣可以去看看^^ 06/04 10:32
26F：推 lingon:如果你的關係是要做genotyping的話,並沒有一個root的必要 06/04 11:34
27F：→ lingon:畢竟這個root是什麼並沒有意義, 用NJ algorithm即可 06/04 11:36
28F：→ lingon:至於molecular clock選擇也沒太大的意義, 因為病毒演化速度 06/04 11:39
29F：→ lingon:第一快速,第二會被免疫系統影響,用簡單的演算法很難推斷 06/04 11:42
30F：→ lingon:從序列很難病毒演化的推斷前後關係 06/04 11:43
31F：推 lingon:想更了解病毒演化的推算可讀Korber B, Science 2000 06/04 11:47
32F：推 lingon:DJ Smith, Science 2004. 06/04 11:49
33F：→ david31408:恩 我是用NJ畫的... 06/04 13:43
34F：推 realism:喔喔 比較清楚一點了 06/04 14:06
35F：→ david31408:那OUTGROUP要放多少 放一群年代久遠且相近的?? 06/04 15:17
我在用流感病毒說明一下我的問題好了
如果真的要放outgroup的話
那我那個group是不事就要放例如1918~1933年的strains(就幾株比較有名的)
然後中間空很多年
之後放一些比較近代的
1996-2008年的病毒這樣子
1918
1920 ----> outgroup
1928
1933
空
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002 main group
2003
2004
2005
2006
2007
2008
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◆ From: 140.112.119.123
36F：→ lingon:1920 strain 如果跟1996-2008的strain相差很大,差距到 06/04 21:22
37F：→ lingon:他們根本就是不同的genotype, 那就可以這樣做 06/04 21:23
38F：→ lingon:對於自然演化速度慢的生物以時間來假設演化差距是可行的 06/04 21:24
39F：→ lingon:但對於演化速度快又長期受到強烈演化壓力的病毒 06/04 21:25
40F：→ lingon:時間跟演化差距成正比的假設不一定成立, 就如influenza 06/04 21:26
41F：→ lingon:年代久遠的strain還是有可能在近代出現, 在樹上這些strain 06/04 21:28
42F：→ lingon:會變成同個branch(genotype). 06/04 21:29
43F：→ lingon:對於你的問題,1你不需要root, 2.你如果一定要outgroup 06/04 21:30
44F：→ lingon:用序列差距跟其他最大的strain來做當root 06/04 21:31
45F：推 nightcatman:Exactly! 06/05 00:48
46F：→ david31408:恩 的確influenza蠻有機會re-emerged 06/05 01:30
47F：→ david31408:謝謝^^ 06/05 01:31