作者david31408 (希望你没事)
看板BioMedInfo
标题Re: [问题] Construct Phylogenic Tree
时间Wed Jun 4 15:34:40 2008
1F：推 nightcatman:我是认为不用吧 为什麽你会认为需要呢? 06/03 23:09
2F：→ david31408:看他的个别演变的情形? 06/03 23:14
3F：推 nightcatman:如果你也有这个目的的话当然可以放...总之看目的而定 06/03 23:29
4F：推 tear2001:it's perfect, you do not need out-group..... 06/03 23:43
5F：→ tear2001:well, I am not good in virus evolution.... 06/03 23:44
6F：推 nightcatman:OK 说明一下 对於virus和bacteria这种演化快速的东西, 06/03 23:48
7F：→ nightcatman:取样的时间先後和演化的时间先後并没有绝对的关系, 所 06/03 23:49
8F：→ nightcatman:以如果只是要分类看远近关系(不含时间轴)就不用放out 06/03 23:50
9F：→ nightcatman:group, 此时会是unrooted tree. 但如果要加进时间轴上 06/03 23:51
10F：→ nightcatman:的关系, 就可以加进outgroup,然後以此当作root,就可以 06/03 23:52
11F：→ nightcatman:得到含有时间轴讯息的rooted tree 06/03 23:52
12F：→ david31408:谢谢 我了解了^^ 06/04 01:03
13F：推 Russ:就 tree 的定义来说 即使拉出了外群 通常还是 unrooted tree 06/04 09:41
14F：→ Russ:尤其如果是建立 ultramatric tree 的话 ...... 小小的意见 06/04 09:42
15F：推 Russ:这个例子其实想看的应该是 clustering 并不是 evolution 06/04 09:47
16F：→ Russ:拉一个 outgroup 进来有时反而会碍事 ... 06/04 09:49
17F：推 realism:我也觉得用MSA-->cluster耶 可以问一下你使用时麽软体画吗 06/04 09:55
18F：推 nightcatman:不不 我讲的和Russ讲的不是同一件事,我说的是用NJ之类 06/04 10:18
19F：→ nightcatman:的先建一个unrooted tree,此时和molecular clock无关, 06/04 10:19
20F：→ nightcatman:也不是ultramatric tree, 在这情况下就类似clustering 06/04 10:21
21F：→ nightcatman:,只能得到彼此距离关系而不知时间先後,但此时若以预先 06/04 10:25
22F：→ nightcatman:加入的outgroup为root把整个tree拉起,就可以得到时间 06/04 10:27
23F：→ nightcatman:上的先後关系了 06/04 10:29
24F：推 nightcatman:刚发现wiki上Neighbor-joining这页有提到一点这样的概 06/04 10:32
25F：→ nightcatman:念,有兴趣可以去看看^^ 06/04 10:32
26F：推 lingon:如果你的关系是要做genotyping的话,并没有一个root的必要 06/04 11:34
27F：→ lingon:毕竟这个root是什麽并没有意义, 用NJ algorithm即可 06/04 11:36
28F：→ lingon:至於molecular clock选择也没太大的意义, 因为病毒演化速度 06/04 11:39
29F：→ lingon:第一快速,第二会被免疫系统影响,用简单的演算法很难推断 06/04 11:42
30F：→ lingon:从序列很难病毒演化的推断前後关系 06/04 11:43
31F：推 lingon:想更了解病毒演化的推算可读Korber B, Science 2000 06/04 11:47
32F：推 lingon:DJ Smith, Science 2004. 06/04 11:49
33F：→ david31408:恩 我是用NJ画的... 06/04 13:43
34F：推 realism:喔喔 比较清楚一点了 06/04 14:06
35F：→ david31408:那OUTGROUP要放多少 放一群年代久远且相近的?? 06/04 15:17
我在用流感病毒说明一下我的问题好了
如果真的要放outgroup的话
那我那个group是不事就要放例如1918~1933年的strains(就几株比较有名的)
然後中间空很多年
之後放一些比较近代的
1996-2008年的病毒这样子
1918
1920 ----> outgroup
1928
1933
空
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002 main group
2003
2004
2005
2006
2007
2008
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.119.123
36F：→ lingon:1920 strain 如果跟1996-2008的strain相差很大,差距到 06/04 21:22
37F：→ lingon:他们根本就是不同的genotype, 那就可以这样做 06/04 21:23
38F：→ lingon:对於自然演化速度慢的生物以时间来假设演化差距是可行的 06/04 21:24
39F：→ lingon:但对於演化速度快又长期受到强烈演化压力的病毒 06/04 21:25
40F：→ lingon:时间跟演化差距成正比的假设不一定成立, 就如influenza 06/04 21:26
41F：→ lingon:年代久远的strain还是有可能在近代出现, 在树上这些strain 06/04 21:28
42F：→ lingon:会变成同个branch(genotype). 06/04 21:29
43F：→ lingon:对於你的问题,1你不需要root, 2.你如果一定要outgroup 06/04 21:30
44F：→ lingon:用序列差距跟其他最大的strain来做当root 06/04 21:31
45F：推 nightcatman:Exactly! 06/05 00:48
46F：→ david31408:恩 的确influenza蛮有机会re-emerged 06/05 01:30
47F：→ david31408:谢谢^^ 06/05 01:31