作者cot123 (cot)
看板BioMedInfo
標題Re: [問題] 想找那些蛋白質有特定的motif
時間Tue Jun 3 23:02:53 2008
※ 引述《HAVEaCAT (有隻貓)》之銘言：
: 就是... 如果我知道一段 短短的motif 只有4個胺基酸
: 不過其中2個胺基酸是隨機的 例如 XTXV (X是都可以的氨基酸)
: 我本來想利用blast找 可是發現好像不能這樣用
: 那我還有甚麼方法可以 在database中 尋找所有帶有這一小段motif的蛋白質呢??
: 會有motif太短 找不到的問題嗎
: 麻煩大家了 謝謝:)
可以試試EMBOSS裡面的fuzzpro
http://www.bioinfo.hku.hk/EMBOSS/
在左邊選單的protein motifs這一個分類下
貼上sequences 把pattern也打上 如你的情況就是 XTXV
pattern怎麼寫請參照說明文件
http://bioinfo.hku.hk/cgi-bin/emboss.pl?_action=manual&_app=fuzzpro
submit就可以等結果了
另外也可以使用一些支援regular expression的工具 也是蠻適合的
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 219.80.34.223
1F：推 huggie:棒，要是我只會自己寫..囧 06/03 23:06
2F：推 nightcatman:自己寫才是王道 ^^ 06/03 23:06
3F：→ cot123:我好像會錯意了 @_@ 我以為是要搜尋幾條sequences 06/03 23:07
4F：→ cot123:那這樣可能需要自己準備好database做input 06/03 23:08
5F：→ cot123: ^當做input 06/03 23:09
6F：推 huggie:沒有，有時候用別人的東西省事又不會錯 =( 06/03 23:11
7F：推 HAVEaCAT:謝謝你們 可是我沒有sequences耶 我以為會自動連到NCBI或 06/03 23:26
8F：→ HAVEaCAT:ExPASy 這種的database 讓他search 06/03 23:27
9F：→ HAVEaCAT:所以要自己把sequence一次一次貼上去囉?? 06/03 23:27
11F：→ nightcatman:右半部那個 把pattern打進去 選好database 開始scan 06/03 23:33
12F：→ cot123:嗯嗯 用prosite好 :D 06/03 23:39
13F：推 HAVEaCAT:挖~謝謝你 prosite這個很棒 不過真的找到好多 06/03 23:40
14F：→ HAVEaCAT:已經有把搜尋限制在 Homo sapiens 不過還是太多@@ 06/03 23:41
15F：→ nightcatman:That's expected :) 06/03 23:45