作者cot123 (cot)
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标题Re: [问题] 想找那些蛋白质有特定的motif
时间Tue Jun 3 23:02:53 2008
※ 引述《HAVEaCAT (有只猫)》之铭言：
: 就是... 如果我知道一段 短短的motif 只有4个胺基酸
: 不过其中2个胺基酸是随机的 例如 XTXV (X是都可以的氨基酸)
: 我本来想利用blast找 可是发现好像不能这样用
: 那我还有甚麽方法可以 在database中 寻找所有带有这一小段motif的蛋白质呢??
: 会有motif太短 找不到的问题吗
: 麻烦大家了 谢谢:)
可以试试EMBOSS里面的fuzzpro
http://www.bioinfo.hku.hk/EMBOSS/
在左边选单的protein motifs这一个分类下
贴上sequences 把pattern也打上 如你的情况就是 XTXV
pattern怎麽写请参照说明文件
http://bioinfo.hku.hk/cgi-bin/emboss.pl?_action=manual&_app=fuzzpro
submit就可以等结果了
另外也可以使用一些支援regular expression的工具 也是蛮适合的
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 219.80.34.223
1F：推 huggie:棒，要是我只会自己写..囧 06/03 23:06
2F：推 nightcatman:自己写才是王道 ^^ 06/03 23:06
3F：→ cot123:我好像会错意了 @_@ 我以为是要搜寻几条sequences 06/03 23:07
4F：→ cot123:那这样可能需要自己准备好database做input 06/03 23:08
5F：→ cot123: ^当做input 06/03 23:09
6F：推 huggie:没有，有时候用别人的东西省事又不会错 =( 06/03 23:11
7F：推 HAVEaCAT:谢谢你们 可是我没有sequences耶 我以为会自动连到NCBI或 06/03 23:26
8F：→ HAVEaCAT:ExPASy 这种的database 让他search 06/03 23:27
9F：→ HAVEaCAT:所以要自己把sequence一次一次贴上去罗?? 06/03 23:27
11F：→ nightcatman:右半部那个 把pattern打进去 选好database 开始scan 06/03 23:33
12F：→ cot123:嗯嗯 用prosite好 :D 06/03 23:39
13F：推 HAVEaCAT:挖~谢谢你 prosite这个很棒 不过真的找到好多 06/03 23:40
14F：→ HAVEaCAT:已经有把搜寻限制在 Homo sapiens 不过还是太多@@ 06/03 23:41
15F：→ nightcatman:That's expected :) 06/03 23:45