作者HAVEaCAT (有隻貓)
看板BioMedInfo
標題[問題] 想找那些蛋白質有特定的motif
時間Tue Jun 3 22:47:54 2008
就是... 如果我知道一段 短短的motif 只有4個胺基酸
不過其中2個胺基酸是隨機的 例如 XTXV (X是都可以的氨基酸)
我本來想利用blast找 可是發現好像不能這樣用
那我還有甚麼方法可以 在database中 尋找所有帶有這一小段motif的蛋白質呢??
會有motif太短 找不到的問題嗎
麻煩大家了 謝謝:)
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.79.65
1F：推 nightcatman:motif太短不是找不到 是會找到太多false positive 06/03 23:02
2F：→ nightcatman:你這東西要用prosite找才對 不過pattern真的太短了 06/03 23:04
3F：推 cot123:我也是覺得pattern太短了 不過說不定是舉例? 06/03 23:05
4F：推 huggie:若是 enzyme cutting site 另外有軟體可用.. 06/03 23:19
5F：→ HAVEaCAT:謝謝^^ 我想找的只有4個胺基酸 屬於binding motif的 06/03 23:29