作者david31408 (希望你沒事)
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標題Re: [問題] Construct Phylogenic Tree
時間Tue Jun 3 22:13:10 2008
1F：→ realism:另外我不太了解你描述序列的方式耶?? 06/03 21:47
2F：推 david31408:Virus 06/03 22:04
就是登革病毒有四種血清型
這邊有不同年代的 然後我想看這些病毒的關係
可是因為有四種但我想要表達在同一棵樹上
例如:
-------- A
---|------ B 這三個屬於第一型
| |
| ------ C
| D
|----/ 這兩個屬於第二型的
. \
. E
.
.
.
這樣 我需要每型都放一個年代久遠的病毒株嗎???
謝謝^^
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 118.168.203.227
3F：推 nightcatman:我是認為不用吧 為什麼你會認為需要呢? 06/03 23:09
4F：→ david31408:看他的個別演變的情形? 06/03 23:14
5F：推 nightcatman:如果你也有這個目的的話當然可以放...總之看目的而定 06/03 23:29
6F：推 tear2001:it's perfect, you do not need out-group..... 06/03 23:43
7F：→ tear2001:well, I am not good in virus evolution.... 06/03 23:44
8F：推 nightcatman:OK 說明一下 對於virus和bacteria這種演化快速的東西, 06/03 23:48
9F：→ nightcatman:取樣的時間先後和演化的時間先後並沒有絕對的關係, 所 06/03 23:49
10F：→ nightcatman:以如果只是要分類看遠近關係(不含時間軸)就不用放out 06/03 23:50
11F：→ nightcatman:group, 此時會是unrooted tree. 但如果要加進時間軸上 06/03 23:51
12F：→ nightcatman:的關係, 就可以加進outgroup,然後以此當作root,就可以 06/03 23:52
13F：→ nightcatman:得到含有時間軸訊息的rooted tree 06/03 23:52
14F：→ david31408:謝謝 我了解了^^ 06/04 01:03
15F：推 Russ:就 tree 的定義來說 即使拉出了外群 通常還是 unrooted tree 06/04 09:41
16F：→ Russ:尤其如果是建立 ultramatric tree 的話 ...... 小小的意見 06/04 09:42
17F：推 Russ:這個例子其實想看的應該是 clustering 並不是 evolution 06/04 09:47
18F：→ Russ:拉一個 outgroup 進來有時反而會礙事 ... 06/04 09:49
19F：推 realism:我也覺得用MSA-->cluster耶 可以問一下你使用時麼軟體畫嗎 06/04 09:55
20F：推 nightcatman:不不 我講的和Russ講的不是同一件事,我說的是用NJ之類 06/04 10:18
21F：→ nightcatman:的先建一個unrooted tree,此時和molecular clock無關, 06/04 10:19
22F：→ nightcatman:也不是ultramatric tree, 在這情況下就類似clustering 06/04 10:21
23F：→ nightcatman:,只能得到彼此距離關係而不知時間先後,但此時若以預先 06/04 10:25
24F：→ nightcatman:加入的outgroup為root把整個tree拉起,就可以得到時間 06/04 10:27
25F：→ nightcatman:上的先後關係了 06/04 10:29
26F：推 nightcatman:剛發現wiki上Neighbor-joining這頁有提到一點這樣的概 06/04 10:32
27F：→ nightcatman:念,有興趣可以去看看^^ 06/04 10:32
28F：推 lingon:如果你的關係是要做genotyping的話,並沒有一個root的必要 06/04 11:34
29F：→ lingon:畢竟這個root是什麼並沒有意義, 用NJ algorithm即可 06/04 11:36
30F：→ lingon:至於molecular clock選擇也沒太大的意義, 因為病毒演化速度 06/04 11:39
31F：→ lingon:第一快速,第二會被免疫系統影響,用簡單的演算法很難推斷 06/04 11:42
32F：→ lingon:從序列很難病毒演化的推斷前後關係 06/04 11:43
33F：推 lingon:想更了解病毒演化的推算可讀Korber B, Science 2000 06/04 11:47
34F：推 lingon:DJ Smith, Science 2004. 06/04 11:49
35F：→ david31408:恩 我是用NJ畫的... 06/04 13:43
36F：推 realism:喔喔 比較清楚一點了 06/04 14:06
37F：→ david31408:那OUTGROUP要放多少 放一群年代久遠且相近的?? 06/04 15:17
38F：推 nightcatman:同意lingon 06/04 19:28