作者david31408 (希望你没事)
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标题Re: [问题] Construct Phylogenic Tree
时间Tue Jun 3 22:13:10 2008
1F：→ realism:另外我不太了解你描述序列的方式耶?? 06/03 21:47
2F：推 david31408:Virus 06/03 22:04
就是登革病毒有四种血清型
这边有不同年代的 然後我想看这些病毒的关系
可是因为有四种但我想要表达在同一棵树上
例如:
-------- A
---|------ B 这三个属於第一型
| |
| ------ C
| D
|----/ 这两个属於第二型的
. \
. E
.
.
.
这样 我需要每型都放一个年代久远的病毒株吗???
谢谢^^
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 118.168.203.227
3F：推 nightcatman:我是认为不用吧 为什麽你会认为需要呢? 06/03 23:09
4F：→ david31408:看他的个别演变的情形? 06/03 23:14
5F：推 nightcatman:如果你也有这个目的的话当然可以放...总之看目的而定 06/03 23:29
6F：推 tear2001:it's perfect, you do not need out-group..... 06/03 23:43
7F：→ tear2001:well, I am not good in virus evolution.... 06/03 23:44
8F：推 nightcatman:OK 说明一下 对於virus和bacteria这种演化快速的东西, 06/03 23:48
9F：→ nightcatman:取样的时间先後和演化的时间先後并没有绝对的关系, 所 06/03 23:49
10F：→ nightcatman:以如果只是要分类看远近关系(不含时间轴)就不用放out 06/03 23:50
11F：→ nightcatman:group, 此时会是unrooted tree. 但如果要加进时间轴上 06/03 23:51
12F：→ nightcatman:的关系, 就可以加进outgroup,然後以此当作root,就可以 06/03 23:52
13F：→ nightcatman:得到含有时间轴讯息的rooted tree 06/03 23:52
14F：→ david31408:谢谢 我了解了^^ 06/04 01:03
15F：推 Russ:就 tree 的定义来说 即使拉出了外群 通常还是 unrooted tree 06/04 09:41
16F：→ Russ:尤其如果是建立 ultramatric tree 的话 ...... 小小的意见 06/04 09:42
17F：推 Russ:这个例子其实想看的应该是 clustering 并不是 evolution 06/04 09:47
18F：→ Russ:拉一个 outgroup 进来有时反而会碍事 ... 06/04 09:49
19F：推 realism:我也觉得用MSA-->cluster耶 可以问一下你使用时麽软体画吗 06/04 09:55
20F：推 nightcatman:不不 我讲的和Russ讲的不是同一件事,我说的是用NJ之类 06/04 10:18
21F：→ nightcatman:的先建一个unrooted tree,此时和molecular clock无关, 06/04 10:19
22F：→ nightcatman:也不是ultramatric tree, 在这情况下就类似clustering 06/04 10:21
23F：→ nightcatman:,只能得到彼此距离关系而不知时间先後,但此时若以预先 06/04 10:25
24F：→ nightcatman:加入的outgroup为root把整个tree拉起,就可以得到时间 06/04 10:27
25F：→ nightcatman:上的先後关系了 06/04 10:29
26F：推 nightcatman:刚发现wiki上Neighbor-joining这页有提到一点这样的概 06/04 10:32
27F：→ nightcatman:念,有兴趣可以去看看^^ 06/04 10:32
28F：推 lingon:如果你的关系是要做genotyping的话,并没有一个root的必要 06/04 11:34
29F：→ lingon:毕竟这个root是什麽并没有意义, 用NJ algorithm即可 06/04 11:36
30F：→ lingon:至於molecular clock选择也没太大的意义, 因为病毒演化速度 06/04 11:39
31F：→ lingon:第一快速,第二会被免疫系统影响,用简单的演算法很难推断 06/04 11:42
32F：→ lingon:从序列很难病毒演化的推断前後关系 06/04 11:43
33F：推 lingon:想更了解病毒演化的推算可读Korber B, Science 2000 06/04 11:47
34F：推 lingon:DJ Smith, Science 2004. 06/04 11:49
35F：→ david31408:恩 我是用NJ画的... 06/04 13:43
36F：推 realism:喔喔 比较清楚一点了 06/04 14:06
37F：→ david31408:那OUTGROUP要放多少 放一群年代久远且相近的?? 06/04 15:17
38F：推 nightcatman:同意lingon 06/04 19:28