作者TZUKI (漢堡)
看板BioMedInfo
標題Re: [轉錄][求救] 有關FASTA format
時間Mon Jun 2 21:12:18 2008
不好意思
我可能沒有說清楚
現在是 如果有人丟了以下一串東西給我
MAAIASTLSLSSTKPQRLFDSSFHGSAISAAPISIGLKPRS
FSVRATTAGYDLNAFTFDPIKESIVSREMTRRYMTDMITYAETDVVVVGAGSAGLSAAYEISKNPNVQVAIIEQSVSPGGGAWLGGQLFSAMIVRKPAH
LFLDEIGVAYDEQDTYVVVKHAALFTSTIMSKLLARPNVKLFNAVAAEDLIVKGNRVGGVV
TNWALVAQNHHTQSCMDPNVMEAKIVVSSCG
HDGPFGATGVKRLKSIGM
IDHVPGMKALDMNTAEDAIVRLTREVVPGM
像這種亂糟糟的感覺
而一般fasta格式通常是80或70個在一個column裡面
而我應該如何將上面這組東西變成標準的格式??
希望有人可以分享經驗m(_ _)m
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 134.208.44.23
1F：推 tinin:這是一條序列還是多條序列? 06/02 21:19
2F：→ TZUKI:多條 06/02 21:24
3F：→ TZUKI:他們原本都是正式的fasta format 但是變成這副德行= = 06/02 21:24
4F：→ auymle:轉成fasta的目的是什麼阿...不然一般的程式直接把序列 06/02 21:33
5F：→ auymle:都進去都是可以支援的 06/02 21:34
6F：推 huggie:你這一串是真正有 ">" 開頭的 fasta 序列對吧? 06/02 22:39
7F：推 huggie:試試看板友建議的轉文工具..先把他轉成另一種，再轉回來 06/02 22:40
8F：→ huggie:搞不好這樣就整齊了..這樣最省事，再來就是自己寫程式 06/02 22:40
9F：→ huggie:不過就像 auymle 說的，應該也無所謂吧? 06/02 22:44
10F：推 tinin:能不能給你想要的output格式?這樣會比較清楚 06/03 00:11
12F：→ nightcatman:各種格式都能轉 06/03 06:40
13F：→ nightcatman:不過話說回來,這種東西應該隨便google都找得到吧... 06/03 06:41