※ 引述《hajimels (阿一)》之銘言： : ※ 引述《realism ()》之銘言： : : 有個小疑問 TSS的定義不包括Promotor region吧? : : 因為很多做TSS prediction的paper : : (e.g.http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2374378) : : 似乎都用Promotor預測來決定TSS(Promotor之後即是嗎?) : : 而且ㄧ段coding region不只有一個TSS也是正常的 : : 所以我想使用orf不夠的原因這也是其中之ㄧ吧 : 其餘恕刪 : 以我個人的經驗 以Ensembl API或Biomart(前面請大家搜AID的文章有題到） : 從Ensembl database抓sequence時，TSS就那麼一個而己歐(TSS為0) : 再往前推upstream為promoter region : 若有其他需求（例如考慮在不同transcipts的promoter region的TF的調控） : 就會考慮要抓ATG起啟位置為0來推upstream及downstream : TSS的定義就是 : the transcriptional start site (TSS): : transcription of RNA begins for a particular gene : 那TSS為0和ATG為0來推其promoter region有何不同？ : 若以TSS為0的話，它的downstream會包含有5'-UTR : 若以ATG，即找出ORF並以這個為0的話，那你反而是推其upstream會包含5'-UTR : 哪個好，就得看需求是什麼來決定了 : 不知道這樣有沒有回答到？＠＠ : 有錯請指正謝謝！ 在此回覆一下huggie兄的問題 （另外有些是我們私下討論的 也一併寫上） huggie兄提到promoter region會不會包到intron呢？ 在以下情況是會的 假設Gene A他有2種不同的transcripts I and II I是由exon1轉錄而II是exon2轉錄 那當我們以exon2的atg為啟始位置時 前推upstream為promoter region時，intron便在裡面了 位置關係可以想成這樣 TSS ＿＿＿＿ ＿＿＿＿ ｜–––––∣Exon 1∣–––––｜Exon 2｜–––––– 5'-UTR ￣￣￣￣ Intron 1 ￣￣￣￣ Intron 2 promter region可以自己定義要從哪回推 就看你想要探討的問題是什麼 只是考慮到不同transcripts的atg很麻煩 大部分的paper都直接以TSS為0回推promoter region -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【今晚的天空有一顆流星劃過 在預言著什麼】|> --

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