※ 引述《hajimels (阿一)》之铭言： : ※ 引述《realism ()》之铭言： : : 有个小疑问 TSS的定义不包括Promotor region吧? : : 因为很多做TSS prediction的paper : : (e.g.http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2374378) : : 似乎都用Promotor预测来决定TSS(Promotor之後即是吗?) : : 而且ㄧ段coding region不只有一个TSS也是正常的 : : 所以我想使用orf不够的原因这也是其中之ㄧ吧 : 其余恕删 : 以我个人的经验 以Ensembl API或Biomart(前面请大家搜AID的文章有题到） : 从Ensembl database抓sequence时，TSS就那麽一个而己欧(TSS为0) : 再往前推upstream为promoter region : 若有其他需求（例如考虑在不同transcipts的promoter region的TF的调控） : 就会考虑要抓ATG起启位置为0来推upstream及downstream : TSS的定义就是 : the transcriptional start site (TSS): : transcription of RNA begins for a particular gene : 那TSS为0和ATG为0来推其promoter region有何不同？ : 若以TSS为0的话，它的downstream会包含有5'-UTR : 若以ATG，即找出ORF并以这个为0的话，那你反而是推其upstream会包含5'-UTR : 哪个好，就得看需求是什麽来决定了 : 不知道这样有没有回答到？＠＠ : 有错请指正谢谢！ 在此回覆一下huggie兄的问题 （另外有些是我们私下讨论的 也一并写上） huggie兄提到promoter region会不会包到intron呢？ 在以下情况是会的 假设Gene A他有2种不同的transcripts I and II I是由exon1转录而II是exon2转录 那当我们以exon2的atg为启始位置时 前推upstream为promoter region时，intron便在里面了 位置关系可以想成这样 TSS ＿＿＿＿ ＿＿＿＿ ｜–––––∣Exon 1∣–––––｜Exon 2｜–––––– 5'-UTR ￣￣￣￣ Intron 1 ￣￣￣￣ Intron 2 promter region可以自己定义要从哪回推 就看你想要探讨的问题是什麽 只是考虑到不同transcripts的atg很麻烦 大部分的paper都直接以TSS为0回推promoter region -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【今晚的天空有一颗流星划过 在预言着什麽】|> --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 163.25.118.137