作者hajimels (阿一)
看板BioMedInfo
標題Re: [問題] Transcription Start Site
時間Mon Jun 2 00:49:55 2008
※ 引述《realism ()》之銘言：
: 有個小疑問 TSS的定義不包括Promotor region吧?
: 因為很多做TSS prediction的paper
: (e.g.http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2374378)
: 似乎都用Promotor預測來決定TSS(Promotor之後即是嗎?)
: 而且ㄧ段coding region不只有一個TSS也是正常的
: 所以我想使用orf不夠的原因這也是其中之ㄧ吧
其餘恕刪
以我個人的經驗 以Ensembl API或Biomart(前面請大家搜AID的文章有題到）
從Ensembl database抓sequence時，TSS就那麼一個而己歐(TSS為0)
再往前推upstream為promoter region
若有其他需求（例如考慮在不同transcipts的promoter region的TF的調控）
就會考慮要抓ATG起啟位置為0來推upstream及downstream
TSS的定義就是
the transcriptional start site (TSS):
transcription of RNA begins for a particular gene
那TSS為0和ATG為0來推其promoter region有何不同？
若以TSS為0的話，它的downstream會包含有5'-UTR
若以ATG，即找出ORF並以這個為0的話，那你反而是推其upstream會包含5'-UTR
哪個好，就得看需求是什麼來決定了
不知道這樣有沒有回答到？＠＠
有錯請指正謝謝！
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○_.
/(╯
【今晚的天空有一顆流星劃過 在預言著什麼】|>
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◆ From: 163.25.118.137
1F：推 huggie:記得 promoter 好像可以在 intron 內? 06/02 01:36
2F：→ killerjackal:不確定會不會在intron內 但確定有例子是包含tss 06/02 01:42
3F：推 realism:ㄧ個gene包含多個exon的話 還是只有第一個有TSS嚕 06/02 01:47
4F：→ hajimels:文字有點難懂，下文附圖解了，請參考看看 06/02 01:50
5F：推 auymle:TSS在生物上的應該是1不是0, 沒有0這個位置 06/02 09:28
6F：→ auymle:否則做生物的人可能會聽不懂 06/02 09:28
7F：→ hajimels:的確如auymle板友所提，這是我的恕忽，各位不好意思>"< 06/02 11:32
8F：推 huggie:恭喜你內化成資訊人了 06/02 11:52