作者hajimels (阿一)
看板BioMedInfo
标题Re: [问题] Transcription Start Site
时间Mon Jun 2 00:49:55 2008
※ 引述《realism ()》之铭言：
: 有个小疑问 TSS的定义不包括Promotor region吧?
: 因为很多做TSS prediction的paper
: (e.g.http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2374378)
: 似乎都用Promotor预测来决定TSS(Promotor之後即是吗?)
: 而且ㄧ段coding region不只有一个TSS也是正常的
: 所以我想使用orf不够的原因这也是其中之ㄧ吧
其余恕删
以我个人的经验 以Ensembl API或Biomart(前面请大家搜AID的文章有题到）
从Ensembl database抓sequence时，TSS就那麽一个而己欧(TSS为0)
再往前推upstream为promoter region
若有其他需求（例如考虑在不同transcipts的promoter region的TF的调控）
就会考虑要抓ATG起启位置为0来推upstream及downstream
TSS的定义就是
the transcriptional start site (TSS):
transcription of RNA begins for a particular gene
那TSS为0和ATG为0来推其promoter region有何不同？
若以TSS为0的话，它的downstream会包含有5'-UTR
若以ATG，即找出ORF并以这个为0的话，那你反而是推其upstream会包含5'-UTR
哪个好，就得看需求是什麽来决定了
不知道这样有没有回答到？＠＠
有错请指正谢谢！
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★ミ ζ
○_.
/(╯
【今晚的天空有一颗流星划过 在预言着什麽】|>
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 163.25.118.137
1F：推 huggie:记得 promoter 好像可以在 intron 内? 06/02 01:36
2F：→ killerjackal:不确定会不会在intron内 但确定有例子是包含tss 06/02 01:42
3F：推 realism:ㄧ个gene包含多个exon的话 还是只有第一个有TSS噜 06/02 01:47
4F：→ hajimels:文字有点难懂，下文附图解了，请参考看看 06/02 01:50
5F：推 auymle:TSS在生物上的应该是1不是0, 没有0这个位置 06/02 09:28
6F：→ auymle:否则做生物的人可能会听不懂 06/02 09:28
7F：→ hajimels:的确如auymle板友所提，这是我的恕忽，各位不好意思>"< 06/02 11:32
8F：推 huggie:恭喜你内化成资讯人了 06/02 11:52