作者sysc (I am NTU student)
看板BioMedInfo
標題Re: [工具] PseudoPipe - 找尋 Pseudogenes
時間Sun Jun 1 15:21:23 2008
那這個工具最後跑出來的結果的檔名代表的意義是?
例如我跑某個chromosome Y
最後出現以下這幾個檔案
chrY.sptrembl.all.fa chrY.sptrembl.dup.gff
chrY.sptrembl.pssd1.fa chrY.sptrembl.pssd2.gff
chrY.sptrembl.all.gff chrY.sptrembl.frag.fa
chrY.sptrembl.pssd1.gff chrY.sptrembl.real.fa
chrY.sptrembl.dup.fa chrY.sptrembl.frag.gff
chrY.sptrembl.pssd2.fa chrY.sptrembl.real.gff
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.26.181
1F：推 huggie:我上次還沒跑完機器就當了 (那台電腦有問題)，後來我的 06/01 15:28
2F：推 huggie:project 打算把 pseudogene prediction 部份放進下一篇 06/01 15:29
3F：推 huggie:paper 裡，因此我沒有跑完過，上一篇是讀paper來，沒有實際 06/01 15:29
4F：推 huggie:經驗的嘴砲。但是呢..還是可以猜一下 06/01 15:30
5F：推 huggie:這些都是序列檔案，.fa 檔是 fasta 格式，.gff 是 genbank 06/01 15:30
6F：推 huggie:嗎? 好像不是..我再研究看看 至於 dup, frag, pssd1, pssd2 06/01 15:32
7F：推 huggie:等應該就是我上一篇所提到的那些pseudogene的分類。 06/01 15:33
9F：推 realism:.gff檔案格式我也是第一次看到 看來跟.gbff不同... 06/01 15:54
10F：推 sadrasc:應該是gene or something在chr上面的相對位置 06/01 16:08