作者sysc (I am NTU student)
看板BioMedInfo
标题Re: [工具] PseudoPipe - 找寻 Pseudogenes
时间Sun Jun 1 15:21:23 2008
那这个工具最後跑出来的结果的档名代表的意义是?
例如我跑某个chromosome Y
最後出现以下这几个档案
chrY.sptrembl.all.fa chrY.sptrembl.dup.gff
chrY.sptrembl.pssd1.fa chrY.sptrembl.pssd2.gff
chrY.sptrembl.all.gff chrY.sptrembl.frag.fa
chrY.sptrembl.pssd1.gff chrY.sptrembl.real.fa
chrY.sptrembl.dup.fa chrY.sptrembl.frag.gff
chrY.sptrembl.pssd2.fa chrY.sptrembl.real.gff
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.26.181
1F：推 huggie:我上次还没跑完机器就当了 (那台电脑有问题)，後来我的 06/01 15:28
2F：推 huggie:project 打算把 pseudogene prediction 部份放进下一篇 06/01 15:29
3F：推 huggie:paper 里，因此我没有跑完过，上一篇是读paper来，没有实际 06/01 15:29
4F：推 huggie:经验的嘴炮。但是呢..还是可以猜一下 06/01 15:30
5F：推 huggie:这些都是序列档案，.fa 档是 fasta 格式，.gff 是 genbank 06/01 15:30
6F：推 huggie:吗? 好像不是..我再研究看看 至於 dup, frag, pssd1, pssd2 06/01 15:32
7F：推 huggie:等应该就是我上一篇所提到的那些pseudogene的分类。 06/01 15:33
9F：推 realism:.gff档案格式我也是第一次看到 看来跟.gbff不同... 06/01 15:54
10F：推 sadrasc:应该是gene or something在chr上面的相对位置 06/01 16:08