我大概簡單整理一下這兩篇paper 若是還有人有興趣要了解的可以稍微看一下 這兩篇基本上應該算一篇 他只不過是用不同的approach去看thioredoxin這個protein的conformation 先講比較簡單的那一篇Biochemistry 2001 這篇是以peptide的level去探討 著重的技術應該是在他把protein做D2O exchange 20sec後立刻切protein then CID-MS/MS,藉由每個peptide片段所產生的b ion的不同 可以算出交換的程度 舉例:HDYANG若這段peptide進行交換後 會有好幾種可能,若有交換,他特定的b ion就會不一樣 利用所產生b ion peak height (or area我不確定這篇用什麼) 在和原本若是完全沒交換的分子量的peak面積相比 就可以算出exchange rate (簡單的說:未交換:分子量為n, 交換:分子量為n+m(要看他有多少H)兩個pair的 peak相比就是他那些表的來源) 所以他可以針對每個AA算出哪一個較易交換 而可劃出和NMR(這篇paper就是跟NMR比) 這個方法是相較CD或是NMR較精確 因為他可以看到的是精確結構變化 但是有些問題存在 (1).一個是不是所有b ion都可以看到那你就算不到特定AA的exchange rate (2).因為在CID的過程中proton是屬於一種mobile的狀態,有可能你已經交換的D 跑到沒交換的amide bond造成錯誤的判斷(這個在conclusion部分有寫) 但是他的優點包括:不用像NMR或是CD需要純度那麼高的樣品, 而且他的sensitivity比較高,能看到protein的MW目前應該也是所有儀器最高的 所以才會有人嘗試用這個方法去看 這是這篇的重點 好累~~ 繼續打下一篇的重點 --

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