我大概简单整理一下这两篇paper 若是还有人有兴趣要了解的可以稍微看一下 这两篇基本上应该算一篇 他只不过是用不同的approach去看thioredoxin这个protein的conformation 先讲比较简单的那一篇Biochemistry 2001 这篇是以peptide的level去探讨 着重的技术应该是在他把protein做D2O exchange 20sec後立刻切protein then CID-MS/MS,藉由每个peptide片段所产生的b ion的不同 可以算出交换的程度 举例:HDYANG若这段peptide进行交换後 会有好几种可能,若有交换,他特定的b ion就会不一样 利用所产生b ion peak height (or area我不确定这篇用什麽) 在和原本若是完全没交换的分子量的peak面积相比 就可以算出exchange rate (简单的说:未交换:分子量为n, 交换:分子量为n+m(要看他有多少H)两个pair的 peak相比就是他那些表的来源) 所以他可以针对每个AA算出哪一个较易交换 而可划出和NMR(这篇paper就是跟NMR比) 这个方法是相较CD或是NMR较精确 因为他可以看到的是精确结构变化 但是有些问题存在 (1).一个是不是所有b ion都可以看到那你就算不到特定AA的exchange rate (2).因为在CID的过程中proton是属於一种mobile的状态,有可能你已经交换的D 跑到没交换的amide bond造成错误的判断(这个在conclusion部分有写) 但是他的优点包括:不用像NMR或是CD需要纯度那麽高的样品, 而且他的sensitivity比较高,能看到protein的MW目前应该也是所有仪器最高的 所以才会有人尝试用这个方法去看 这是这篇的重点 好累~~ 继续打下一篇的重点 --

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