作者magic760812 (书书)
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标题[程式] R-script的问题
时间Wed Mar 16 00:36:44 2011
各位版友好
目前分析需要使用别人编写好的r-script做分析
本人并没有编写script的经验
因此现在遇到一些问题来板上求助
希望大家能够帮忙:)
我遇到的问题应该是图表的最大值及最小值叫不进来
以下是error code
错误在plot.window(...) : 'ylim' 值不能是无限的
此外: Warning messages:
1: In lfproc(x, y, weights = weights, cens = cens, base = base, geth = geth, :
procv: fit point outside xlim region
2: In min(x) : min 中没有无漏失的引数; 回传 Inf
3: In max(x) : max 中没有无漏失的引数;回传 -Inf
以下是程式码
minmig2 <- 0
maxmig2 <- 0.5
# Plot line for sequence DNA mutation rate and save it in a .eps file
windows()
abc.reg.mut <- makepd4(target,abc.rej[,2],abc.rej[,17:55],tol=1,rej=F,transf="none")
plot(locfit(~abc.reg.mut$x,weight=abc.reg.mut$wt),main="prior (black) and
posterior (blue) distributions",xlab="mut rate",col="blue")
plot(locfit(~priors[,2]),col="black",add=T)
dev.copy2eps(file="mutrate_reg.eps", horizontal=F)
print("mut rate done.")
这一部分可以成功执行
# Plot line for migration rate of population 2 and save it in a .eps file
windows()
abc.reg.mig2 <- makepd4(target,abc.rej[,14],abc.rej[,17:55],tol=1,rej=F,
transf="none",
bb=c(minmig2,maxmig2))
plot(locfit(~abc.reg.mig2$x,weight=abc.reg.mig2$wt,
xlim=c(minmig2,maxm
ig2)),main="prior (black) and posterior (blue) distributions",xlab="mig2",col="blue")
plot(locfit(~priors[,14],xlim=c(minmig2,maxmig2)),col="black",add=T)
dev.copy2eps(file="mig2_reg.eps", horizontal=F) print("mig2 done.")
这部分不可以执行
我比较了两段script
发现差别是下方多了段 bb=c(minmig2,maxmig2)) 及 xlim=c(minmig2,maxmig2)
把这两段拿掉就可以画图
我在别的script 中有看到 xlim=c(minmig2,maxmig2) 最大最小值都可以成功汇入没有
问题, 所以我猜想应该是 bb=c 这个有问题, 可是我上网查找後没看过这个指令, 不知
到是不是作者写错? 如果有人知道这个讯息 , 麻烦可以给我一些建议, 感激不尽!
因为这个script是国外作者, 写信请教回复不会很快, 因此就在此求助大家的帮忙,
谢谢大家!
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.122.143.192
※ 编辑: magic760812 来自: 140.122.143.192 (03/16 00:37)
※ 编辑: magic760812 来自: 140.122.143.192 (03/16 00:38)
1F:推 Aqery:错误发生後用traceback(),可以看到是哪段出错,检查看看吧 03/16 06:38
2F:→ Aqery:bb只是变数名称,c是定义一个vector,这段没什麽特别的 03/16 06:39
3F:推 Aqery:然後看是哪一段出错,是makepd4错还是画图的时候错 03/16 06:44
4F:→ Aqery:附带一提,你的错误是在max(numeric(0))的情况下会出现 03/16 06:46
5F:→ Aqery:检查一下你的minmig2,maxmig2是不是哪一段爆了... 03/16 06:46
6F:→ magic760812:很有用! 感谢! 03/16 15:43