※ [本文转录自 sinica 看板] 作者: sportsman (嗨嗨) 看板: sinica 标题: 材料模拟软体Accelrys/Materials Studio教学研讨会(国网中心-新竹) 时间: Tue Aug 5 15:19:30 2008 ------------------------------------------------------------------------------ 国家高速网路与计算中心2008/08/11-12Accelrys / Materials Studio教学研讨会 课程名称：Accelrys / Materials Studio 上课地点：财团法人国家实验研究院国家高速网路与计算中心/ 竹科B 教室 上课时间：2008/08/11 (一) ～ 2008/08/12 (二) 09:30 ～ 16:30 上课总天数：2 天，共计 12 个小时 报名费用：一般人士/2,000元 ; 学生/1,000元 课程介绍：Basic Operation 应用模组介绍与使用操作：CASTEP/DMol3/VAMP Discover/Amorphous Cell Reflex Sorption X-cell QSAR 上课时间： 2008/8/11 (一) ～ 2008/8/12 (二) 09:30 ～ 16:30 上课总天数： 2 天，共计 12 个小时 招生日期截止(含)： 2008/08/08 (五) 17:00 招生人数： 6 ～ 38 人 国网中心报名网站：https://edu.nchc.org.tw/ ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Materials Studio 模组介绍 MS Visualizer 提供了建构单一分子、晶体，表面及高分子等不同材料结构所需要的功能，提供使 用者操作、观察及分析结构模型，处理图表、表格或文字等形式的资料并提供软体的基 本环境和分析工具以支援Materials Studio的其他模组。是Materials Studio 産品系 列的核心模组。 MS CASTEP 先进的量子力学程式，广泛应用於陶瓷、半导体、金属等多种材料，可研究晶体材料 的性质（半导体、陶瓷、金属、沸石等）、表面和表面重构的性质表面化学、电子结构 （能带及态密度）、晶体的光学性质、缺陷性质（如空位、间隙 或取代掺杂）、扩展缺陷（晶粒间界、位错）、系统的三维电荷密度及波函数等。 运算Properties: 1.Optical properties: frequency dependent 2.Dielectric function polarizability, reflectivity, refractive index, UV and IR spectra 3.Mulliken population analysis for atoms and bonds 4.Static elastic constants 5.Phonon dispersion 6.Band structures 7.Charge, spin, and deformation densities 8.Total and projected phonon density of states 9.Thermodynamic properties in quasiharmonic approximations (free energy, enthalpy, entropy, heat capacity, Debye temperature) 10.Simulated scanning tunneling microscopy (STM) images MS DMol3 基於密度泛函理论（DFT）设计的量子力学程式，可以针对包括气相、溶液、表面及 固体等不同系统，计算模拟其反应过程中间产物及物化性质的商业化量子力学程式，应用 於化学、材料、化工、固体物理等许多领域。可用於研究均相催化、多相催化、分子反应 性、分子结构等也可计算预测溶解度、蒸气压、分配函数、溶解热、混合热等性质。 运算Properties: 1.Determination and graphical display of the complete reaction path 2.Solvation via COSMO 3.Mulliken, Hirshfeld, and ESP charges 4.Electrostatic moments 5.Fukui indices 6.Nuclear electric field gradients 7.Bond order analysis 8.Heats of formation, free energy, enthalpy, entropy, heat capacity, 9.ZPVE MS VAMP 半经验法的量子计算程式，适用於有机和无机的分子系统。VAMP可快速计算分子的 多项物理及化学性质，类似常用的半经验法量子计算程式MOPAC和Zindo。其计算的速度 和精度介於基於力场的分子力学方法和量子力学的第一原理方法之间。经过最佳化的 VAMP程式可以在PC上稳定、快速地进行计算。 运算Properties: 1.Volumetric display of: 　　　　　　　　　　　　　　　total electronic density 　　　　　　　　　　　　　　　spin density 　　　　　　　　　　　　　　　electrostatic potential 　　　　　　　　　　　　　　　molecular orbitals 　　　　　　　　　　　　　　　localized orbitals 　　　　　　　　 2.Thermodynamic properties (enthalpy, entropy, and heat capacity) 　　　　　　　　 3.Electrostatic potentials 　　　　　　　　 4.Atomic charges : NAO-PC, Coulson, and Mulliken 　　　　　　　　 5.Molecular and atomic multipoles 　　　　　　　　 6.Static first-order polarizabilities 　　　　　　　　 7.ESR hyperfine coupling constants to hydrogen 　　　　　　　　 13C chemical shifts 　　　　　　　　 8.Optical spectra 　　　　　　　　 9.Heat of formation, entropy, and heat capacity MS DISCOVER Material Studio的计算引擎。使用分子力学和分子动力学方法，透过数种仔细推导的力 场作爲基础，可准确地计算出如最低能量构型、分子体系的结构和分子动力学轨迹等。 运算Properties: 1.Conformational analysis for polymers and peptides during molecular dynamics 2.Radial distribution function, orientational correlation functions and scattering curves 3.Distributions of distances, angles and radii of gyration 4.Concentration profiles for any desired component 5.Cohesive energy density and solubility parameter of bulk molecular systems 6.Decomposition of internal (valence) energies 7.Temperature profiles in non-equilibrium systems 8.Material elastic constants 9.MSD and velocity correlation functions for estimating self-diffusion coefficients 10.Rotational time correlation functions 11.Dipole moment correlation functions 12.Thermal expansion coefficients MS Amorphous Cell 允许建立出复杂的非晶型系统模型，并对主要性质进行预测。通过观察系统结构和 性质之间的关系，可以对分子的一些重要性质有更深入的了解从而设计出更好的新化合 物和新配方。可以研究的性质有:内聚能密度(CED)、状态方程行爲、链堆砌以及局部链 运动等。 运算Properties: 1.Cohesive energy density/solubility parameter 　　　　　　　　 2.All aspects of molecular/chain geometry over a dynamics trajectory chain(either global, or localized within specified chemical groupings) 　　　　　　　　 3.Configurational statistics for properties such as end-to-end distances and radii of gyration 　　　　　　　　 4.Atom-atom pair correlation functions 　　　　　　　　 5.X-ray or neutron scattering curves 　　　　　　　　 6.Gas/small molecule diffusivities (via MSD or velocity autocorrelation functions) 7.Infrared spectra and dipole correlation functions 8.Elastic stiffness coefficients 9.Surface properties MS Reflex 由晶体材料的X-ray、中子以及电子等多种粉末绕射图谱。可以帮助确定晶体的结构 解析绕射资料并用於验证计算和实验结果。模拟的图谱可以直接与实验资料比较，并能 根据结构的改变进行即时的更新，还能对模拟结构和实验资料进行即时的比较。包括粉 末衍射指标化及结构精修等工具。 模组特色: 1.User defines the radiation wavelength and polarization 2.Accounts for isotropic and anisotropic temperature factors 3.Accounts for the effects of preferred orientation 4.Simulates both sample and instrument broadening effects 5.Simulates X-ray, neutron, and electron powder diffraction data 6.Loads experimental data for direct on-screen comparison 7.Provides a versatile range of peak profiles-Gaussian, Lorentz Mod.Lorentz#1,Mod.Lorentz#2, Pseudo-Voigt, Pearson VII, Thompson-Cox-Hastings,David-Voigt, Tomandl pseudo-Voigt 8.Choice of asymmetry corrections - Rietveld,Howard, Berar-Baldinozzi,Finger-Cox-Jephcoat 9.Experimental data formats supported include: Bruker, Stoe, Scintag, Jade, Philips, JCAMP, Galactic SPC GSAS raw, ILL, PAnalytical XRDML 10.Data processing options includes: K-alpha2 stripping11, background subtraction, data smoothing, scaling, and interpolation 11.Manual or automatic peak identification 12.Full graphical user interface to X-Cell, TREOR, DICVOL, and ITO --

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