作者IFN113 (CY)
看板Biotech
标题[求救] DNase I 与NGS关系
时间Thu Jun 27 10:27:31 2024
当初抽RNA以及建库的时候没有加入DNase I
请问定序出来分析的结果有可信性吗？或者说能怎麽调整呢.....
当初没有加是抽RNA KIT的厂商说不用加也没影响的........
但後来因为RNA QC不佳有多做RNA Clean Up.......
现在不晓得DNA会不会干扰到RNA分析.....谢谢.... TAT
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 39.15.57.61 (台湾)
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1F：→ Bows: 没有做O/E的话不太会抽到dna06/27 15:16
※ 编辑: IFN113 (39.15.57.61 台湾), 06/27/2024 16:21:20
2F：→ blence: 真的吗? 如果是,一般RT-PCR何必在意primer有无跨intron 06/27 20:11
3F：→ xxtomnyxx: 会不会有DNA污染要看你用的Kit是哪一种；会不会有干扰 06/27 21:33
4F：→ xxtomnyxx: 要看你的 RNA-seq 厂商是怎麽做的 06/27 21:33
5F：→ maurice9325: 应该是有的基因没有intron，且不是每个probe都跨intr 06/28 09:01
6F：→ maurice9325: on？如果怕自己手残直接花钱请待抽，才不会想东想西 06/28 09:01
7F：→ maurice9325: ，老板也少一个藉口。 06/28 09:01
8F：推 tharaohfu: DNA会影响RNA-seq的...先确定sample里的DNA污染程度 06/28 23:23
9F：→ tharaohfu: 看个Fragment分析就知道了。也要问一下你的RNA-seq是否 06/28 23:24
10F：→ tharaohfu: 可以排除DNA污染 很久没碰了 或许现在新技术可以无视XD 06/28 23:25
11F：推 dubius: 我很想知道o/e是什麽意思 06/30 14:43
12F：→ xxtomnyxx: 通常是指 over expression，丢plasmid进细胞，plasmid 06/30 19:24
13F：→ xxtomnyxx: 在早期copy number会很高而且plasmid的大小让它很容易 06/30 19:24
14F：→ xxtomnyxx: 混在RNA里面 06/30 19:24
15F：推 penguinbb: 如果你rna-seq library 有做polyA selection 那应该是 07/01 06:42
16F：→ penguinbb: 不用担心DNA的问题 07/01 06:42