作者keroromoa (说再多也只为保护自己)
看板Biotech
标题[讨论] Torrent Suite 5.18开源软体安装与执行
时间Thu Sep 14 19:47:25 2023
最近在比较不同的 Torrent Suite 版本
在大约15~30bp的insertion/deletion/deletion-insertion variant calling状况,
Thermo在github有释出 Torrent Suite 开源版本
https://github.com/iontorrent/TS/tree/master#readme-ov-file
但不论环境是否直接在伺服器上操作或使用Docker环境,
在安装和操作看起来都要透过
http://updates.iontorrent.com
去下载安装和执行需要的相关dependency,
但这个网站已经挂很久了,看biostar的讨论似乎挂了好几年,
也没有找到替代的解决方法
想请问是否有板友有使用过 Torrent Suite 开源版本,
在遇到iontorrent update网站挂掉的状况,
有找到替代的方式去抓到这些dependency,或是用替代的方式执行variant calling吗
补充一下是想要拿bam file来做TVC stand-alone variant calling
谢谢各位协助~
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