作者tim01boy (foxball)
看板Biotech
标题[求救] metagenomic 菌相分析
时间Mon Feb 22 11:54:27 2021
小弟为NGS的新手
过去为了分析样本中的抗药性基因
已做了whole genome sequence
若想知道样本中的菌相
是否可用之前的资料去比对资料库
还是必须再进行16S rRNA gene的NGS才可得知
谢谢大家
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※ 编辑: tim01boy (223.136.133.61 台湾), 02/22/2021 11:59:42
1F：推 Godkin: 直接比对就好啦？ 02/22 12:30
2F：推 hwjuranus: 分析基因 你做的可能是 metatranscriptomic seq 02/22 17:36
3F：→ hwjuranus: 如果能转成 OTU table 就能看菌相 02/22 17:36
4F：推 Godkin: 分析抗药性基因可以不用做metatranscriptome定序的 02/22 18:13
一时想太复杂 谢谢你
原本在想抗药性基因的定量 要用16s标准化结果
5F：→ Godkin: 原本的metagenome定序资料足矣 02/22 18:13
※ 编辑: tim01boy (220.135.48.4 台湾), 02/22/2021 21:38:49
※ 编辑: tim01boy (220.135.48.4 台湾), 02/22/2021 21:39:58
7F：推 hwjuranus: 感谢 G 大解释 是用picrust 之类的转换再看吗? 02/26 10:40
8F：推 cutecutepig: 从WGS里面输出每一条16S rRNA就可以知道菌相 03/09 23:00