作者evayoyo
看板Biotech
标题[求救] 银染问题请益
时间Wed Jan 15 22:25:44 2020
各位前辈好
最近做co-ip跑银染时band都不是很理想
想麻烦前辈们帮忙看看是不是哪里出问题> <
感激不尽!!
简述co-ip做法:
先用protein A的beads binding antibody
再加入protein lysate mix overnight
隔天再用sample buffer 煮100度10分钟elution
跑胶load sample时会连磁珠一起下去跑
曾经有使用过total protein lysate去做coip并染coomassie blue(步骤与前述都相同)
有band但感觉杂band超级多
https://i.imgur.com/lRODvjd.jpg
後来改抽membrane protein去做coip
用的是Thermo的MEM-PER plus kit
下800mg的protein去做binding
第一次做没有测elute出来的蛋白浓度
下20ul含beads去染银染
银染用Thermo的silver stain for mass spec kit做
band的深浅看起来超不稳定
右方两组是IgG
其他都是实验组
https://i.imgur.com/8WPv78E.jpg
第二次做有测浓度
最後elute出来的蛋白浓度约0.3mg/ul
下40ul含beads去染银染
右方两组是input
中间两组是IgG
左方两组是我的实验组
https://i.imgur.com/GhR5puJ.jpg
第二次下的量明明比较多
但看到的band却比较少
看最上方好像是都卡住没有跑下来 ( ?
猜测可能的问题有
1.胶体配错
2.磁珠太多
3.elution用的sample buffer elute不下来
但先前染coomassie blue步骤一样好像也没这个问题
麻烦各位救救我了
谢谢!!!!!!!!
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 140.112.122.220 (台湾)
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1579098346.A.6DF.html
※ 编辑: evayoyo (140.112.122.220 台湾), 01/15/2020 22:27:26
※ 编辑: evayoyo (140.112.122.220 台湾), 01/15/2020 22:28:05
※ 编辑: evayoyo (140.112.122.220 台湾), 01/15/2020 22:29:46
※ 编辑: evayoyo (140.112.122.220 台湾), 01/15/2020 22:31:54
1F:→ xxtomnyxx: 奇怪的结果...最後一张银染,为什麽IgG的lane没有HC和01/16 00:54
2F:→ xxtomnyxx: LC?然後做co-IP,lysate和beads反应完後要用lysis buf01/16 00:55
3F:→ xxtomnyxx: 洗个3~5次你应该有做吧?01/16 00:56
4F:→ xxtomnyxx: 我不建议incubate o/n,我会做一次1h, 2h, 4h, 6h 的反01/16 00:58
5F:→ xxtomnyxx: 应时间测试,看哪个时间点後IP的蛋白就饱和了。此外,01/16 00:59
6F:→ xxtomnyxx: beads和antibody可以先用BSA block o/n,这样可以让杂01/16 01:00
7F:→ xxtomnyxx: band变少,但是会多一条很强很强的BSA band这个要注意
想请教跑出来的band这麽奇怪会是因为上方卡了很多像蛋白的东西没有完整跑下来吗?有的
我有wash,但是是用PBS wash,当初是另一个实验室的学姐建议的,她有这样做过说没有问
题。请问要怎麽确定饱和呢?抱歉我是新手问题很多QQ 我coip抓下来的东西有去压western
也有看到我目标蛋白的band,但在银染的图中该位置却没有看到band,谢谢你的建议!但是
现在银染都没有band QQ
※ 编辑: evayoyo (101.15.140.197 台湾), 01/16/2020 02:34:41
8F:→ xxtomnyxx: Western的灵敏度是银染的数百数千倍以上,但是如果你银 01/16 18:33
9F:→ xxtomnyxx: 染都看不到IP的蛋白,那表示你的IP蛋白根本就表现太少 01/16 18:34
10F:→ xxtomnyxx: ,连IP抓的蛋白都染不出来,和IP蛋白interact的蛋白就 01/16 18:35
11F:→ xxtomnyxx: 更不可能染到了 01/16 18:35
12F:→ xxtomnyxx: IP过程中要用什麽buffer去wash其实是要试的,不同的buf 01/16 18:37
13F:→ xxtomnyxx: 做出来的效果会不一样。至於卡蛋白的问题,IgG有跑下来 01/16 18:40
14F:→ xxtomnyxx: 所以我觉得不是没有band的主因 01/16 18:41