作者suhs ( )
看板Biotech
标题[求救] ChIP两组蛋白量不同
时间Fri Jun 8 23:42:27 2018
想请教各位（可能是个笨问题 但我查了好久好像没看到类似的讨论）
我有wt和ko两组 想看某个transcription factor在这两组里对於target site binding的
变化
但有个小问题是在ko组 这个transcription factor的量可能稍低 虽然western看起来差
不多 但mRNA稍低
如果我放的antibody量足以抓住所有的TF 这样我看到在ko组有binding下降的现象似乎会
被质疑是本来TF量就少？
还是理论上antibody不会抓到所有的protein 所以我抓下来的TF理论上是一样多？
还是我想太多= = 先感谢大家
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 216.195.1.196
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1528472550.A.844.html
1F：→ Ianthegood: 可以定量Ab跟蛋白啊 不过一般ChIp投的Ab都远超过蛋白 06/09 00:38
2F：→ Ianthegood: 量吧 虽然kinetics没有考虑进去 请ChIP大指正 06/09 00:38
3F：→ Ianthegood: 我觉得你想太多 06/09 00:38
4F：→ blence: Ab不会抓到所有protein,至少一般1.5ml vial的操作应该不行 06/09 01:25
5F：→ blence: target site没意外的话,在单一细胞genome只会有2个site 06/09 01:26
6F：→ blence: 如果TF量在两株细胞只是些微差异,应该不影响ChIP的结果 06/09 01:30
7F：→ blence: 而且实际操作上,ChIP-PCR如果只是10-20%差异,你也不敢用 06/09 01:33
8F：→ blence: 毕竟多了amplify,要相信wt与ko不同,至少要看到倍数差异 06/09 01:39
9F：→ suhs: 感谢楼上两位的解答 ChIPqPCR出来两组差异是挺大的 这样我 06/09 19:48
10F：→ suhs: 更有信心了！ 06/09 19:48