作者inake24 (ggbear要提出来是我想的)
看板Biotech
标题[求救] 急QQ想请问WGCNA的一些问题
时间Sun Apr 1 16:40:24 2018
https://i.imgur.com/EPDcmi5.jpg
如图
作者从组织中找出基因後
利用WGCNA还有还有其他生资的方法如GeneOtology或是IPA等等方法来对这些找出的基因
做分析
关於这张图我的理解是
作者把这些基因用表达量变化的pattern分为八大类
把每一大类中主要参与的基因种类定义成各个function
并且从每一大类中找出最具代表性的example gene
但是问题来了
(1)
如果真照我想的
为什麽function 那栏
第2、5、6大类都叫做neuronal呢 後面那个10^-7
10^-6 以及10^-5又是什麽意思
(2)
https://i.imgur.com/sUtTN82.jpg
後面作者说
他把每一类的基因表达量作平均
并用皮尔森系数来看每一类每一类的基因之间
的相关度
想请问这个做的目的是什麽(为什麽可以把数个基因表达量作平均之後才来比较,不是有
正负之分吗)
图的右边有一个相关度
为什麽只看正值呢
我知道这个问题可能不难
可是对於从未碰过相关领域的我真的是被搞的一个头两个大QQ
附上原文连结
http://www.cell.com/cell-reports/fulltext/S2211-1247(18)30006-8
麻烦大家帮帮我了 还有好多好多问题想问
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 1.34.55.79
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1522572026.A.B2A.html
※ 编辑: inake24 (1.34.55.79), 04/01/2018 16:41:16
※ 编辑: inake24 (1.34.55.79), 04/01/2018 16:51:11
1F:→ blence: 这是要看懂,要报告,还是有data要跑? 什麽领域? 不熟IPA?04/01 16:54
是要报告的 上面那些问题大多是先报告实验室学长姐听之後他们问的问题,我找不太到
答案
实验室的领域是做动物实验跟分生较多的
所以比较不了解..
※ 编辑: inake24 (1.34.55.79), 04/01/2018 17:23:11
2F:推 july81212: 你可能先去了解WGCNA怎麽分析(demo蛮浅显的)会比较了 04/02 17:26
3F:→ july81212: 解这篇@@ 04/02 17:26