作者Ice9 (又到了属於我的季节)
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标题Re: [求救] PCR问题 以及plasmid浓度换算
时间Mon Feb 15 19:42:39 2016
1. 拿 HBV 当模板,应该是指 virus genome 来当做来源。而且你在後面也
说到你们一般是以 copies/ul 来当作计量单位,这通常是已经使用其他
PCR 方式测出 titer 的样本,像是 q-PCR等等。而 10^8 copies/ul 这种
标示,应该是准备拿来感染细胞或动物之类的基准量。但说实在的,一般
PCR template 并不会拿这麽多,一定会再稀释。
2. 拿 plasmid DNA 当模板,是因为一般 PCR 放大是准备看特殊片断,特
别是已经被研究过的对象。你之所以提到 plasmid DNA,是因为有其他学姊
和你说。我猜她是在帮你厘清你的问题,所以才会建议拿个 plasmid 来
测。一般建议拿 plasmid DNA,是因为我们在研究过程中经常会将有兴趣的
DNA 片段塞到适合的 plasmid DNA 之中。而学姊的建议应该是拿一个含有
你要放大片段 (片段是来自於 HBV) 的 plasmid DNA 来当模版,而不是一
个含有整个 HBV genome 的载体。Plasmid DNA 的品质可以比较纯,所以拿
来当 PCR 时的模板就可以减少误差,也可以用来检验 PCR 条件。Plasmid
DNA 的制备,一般是使用 E.coli,经济和技术方便性考量。
3. 你家 primer 不可能长到 400 nt. 以上,你应该是记错了,它比较像是
你 PCR 产物的大小。特别是像 HBV 这个被研究了很久的病毒,很多侦测用
的 primers 可以从相关文献得到,不用再特别设计,除非有其他特殊的实
验需求。同时,PCR 条件可以参考那些文献来进行。而你看到的应该就是
primer dimers 的讯号,要重新调整 PCR 条件,或是重新订购/设计
primers。一般不会有什麽大问题。有问题的大概就是东西品质和技术。前
面也有网友提供其他意见,如果是机台问题,那是机台要修了。实验室最好
是有学长姊可以问,要不然问老板也行。没有学长姊可以当场问的话,那会
很辛苦。
4. 单位的换算,你可以把 plasmid DNA 的一般计量从 microgram/
microliter 换算成 copies/ul,但其他领域一般不会这样做。在你检验
PCR 条件的时候,似乎也没必要这麽做。如果是其他 PCR 条件,那问题并
不在於你要不要换算单位。
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要看 PCR 条件,就拿个 plasmid DNA 来测试。你们实验室有 HBV genome
DNA,那应该也多多少少也能取得相关的 plasmid DNA 来当测试模板。拿
viroids/virus particles 或以 copies/ul 为计量单位的样本,感觉有点
浪费又有些危险。你的问题应该是在於相关的 PCR 条件,目前看来应该是
机器的关系,先从那里看看吧。
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