作者Ice9 (cool snovv)
看板Biotech
标题Re: [求救] 有高手会用ImageJ估gel上band的分子量吗
时间Mon May 11 07:58:26 2015
※ 引述《cmid05 (酷拉皮卡)》之铭言：
: ImageJ有个插件是Macro for Molecular weight
: 可以用marker的位置推算跑完Western Blotting後各个band(蛋白质)的分子量大小
: 我参考了 http://www.phase-hl.com/ImageJ/MolWt-Macros.pdf 这份PDF
: 做到一半还是卡住了
: 不知道有没有大神可以分享一下大致的做法 感激不尽!
: 或是不知道有没有更推荐的软体或算法 谢谢<(_ _)>
所以，你有下载他网页上的 MolWt.txt 吧？
这个必须有，但得修饰它成四个档案。
我试了一晚上才知道可能的问题在哪儿，也试作成功了。
因为你也没说你卡关卡在哪儿，索性就我的经验来说明。
试作环境：
Mac OS X (10.10.3)
Java 1.6.0_65 (64-bit)
ImageJ 1.49s
解说：
1、准备一份很单纯的 txt 档。写下 marker 的 basepair number。
不要加单位，可以不按顺序。
2、用纯文字编辑器打开作者的 MolWt.txt 档。
里面可以看到 script 的四个部分，
是以 macro "$%&*" 为名称，并以 //---- 做区隔的四个部分：
Open MW File
Select Reference Bands
Calculate Regression Line
Estimate Unknown MW
将四个部分，分别剪贴成新的 txt 档案，重新命名。
名称最好就是那四个 macros names。
然後按照 PDF 档案上面的说明，分别安装到 ImageJ 上面。
3、Point tool 只能使用 single point。
Multipoint 无效，macro 只会认最後一个 point。
我不晓得有没有办法修改 macro 档案使得 multipoint 可以运作。
我自己不太懂怎麽写 script。
4、所有步骤一切按照 PDF 档案上的说明操作就没问题了。
该跳出来的对话框一样会跳出来。
我自己用 100bp DNA marker 的电泳图计算一个 PCR product 的大小，
在 300-400 bp 的位置中，算出来的点只差一个 bp——
当然，这和手抖的程度和眼睛锐不锐利有关。
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1F：推 cmid05: 超级谢谢大大热心分享其实我昨天试了两个多小时是成功了XD 05/11 22:47
2F：→ cmid05: 那个点可以用键盘的上下左右会比较准一点 05/11 22:47
3F：推 cmid05: 不过2.我还不知道 长知识! 05/11 22:54
4F：推 chaunen: 推个 05/13 14:25