作者lalakuku (黑鲔鱼)
看板Biotech
标题[求救] 蛋白质序列
时间Mon Dec 2 18:06:23 2013
各位先进大家好
小弟是在做基因序列的分析
做法是将PCR钓出想要的基因序列後
cloning挑菌株送定序
取得完整序列後作DNA比对
现在老板则是要细看到蛋白质序列
他想要从例如50菌株中 判断出到底哪条序列才是最优势的目标序列
於是小弟将DNA序列利用bioedit转录後再作clustalw
会发现 有一些是序列完全相同>视为同一种菌
有些在序列有3.4个胺基酸的差异
那只要有差异的胺基酸是否就判定为不同的菌种?
小弟的想法是看差异的胺基酸转变是否为同一类的胺基酸
像是1.亲殊水性 例:殊>殊 无差异
2.酸硷性 例:酸>酸 无差异
如果胺基酸转变异性质为以上例子 小弟还是将它视为同一种菌株
是否这样的想法错误?
有的话还有哪个方面需要去注意的
由於老板要求只能从序列上去判断 所以做啥3d结构之类的分析就不能了
恳请各位先进提供好的思考方向
小弟对蛋白质实在不熟 谢谢Q口Q
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◆ From: 140.117.247.23
1F：推 licat:DNA序列有差异的话就绝不是同一菌株了 但要小心定序出错问题 12/03 01:02
2F：→ licat:照你提的目的 感觉直接将50段定序完序列去跑演化树就结束了 12/03 01:09