作者bbiioo (meimei)
看板Biotech
标题[求救] pcr产物长度有问题
时间Fri Nov 15 16:31:50 2013
实验内容:
将细胞养在dish，加入不同药物浓度，作用後
抽取total RNA
进行RT-PCR，得到cDNA
再进行PCR扩增我要的片段
我预设跑胶後的结果
会是 不同药物浓度处理後的细胞所得到的片段
应该会是大小一样 浓度会不同
但实际跑出来的结果
是片段大小会有差距 而且是比原先预设的片段大小还大
为什麽会有这样的结果?
是引子设计有问题吗?
还是cDNA有问题?
不知道有没有人有经验作过的 帮帮忙解个答
谢谢哩
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 114.26.145.230
1F：推 Bows:会不会是你的药物影响到你RNA的splicing? 11/15 16:35
2F：→ xxtomnyxx:首先想到的可能性同楼上，去查包含有intron的mRNA长度 11/15 16:42
3F：→ xxtomnyxx:跟你的产物比对一下？ 11/15 16:42
4F：→ bbiioo:请问你们意思是说 alternation splicing吗? 11/15 16:48
5F：→ puec2:发了发了 但是堵10000 p币你老板不敢继续做下去 11/15 16:59
6F：→ qiet:赚到惹~~~定序看看~? 11/15 17:32
7F：→ saviora:再重复几次吧 如果是那可能就是在splicing上的影响 11/15 17:59
8F：→ saviora:不过有做positive control吗 11/15 18:00
加药浓度是从0往上增加这样 所以~是跟无加药处理的DNA比较，位置不一样
9F：推 caesar0926:把primer丢到 primaer-blast 看会有那些产物试试 11/15 19:11
10F：→ caesar0926: primer 11/15 19:12
我会去比对看看!
11F：→ caesar0926:看不懂两个意思 得到cDNA library? 和mager band?? 11/15 19:15
12F：推 caesar0926:或是 抽RNA时没处理 让genomic DNA 残留 11/15 19:17
※ 编辑: bbiioo 来自: 111.252.239.8 (11/18 09:32)
13F：→ bbiioo:打错了是major band 11/18 09:33
14F：→ bbiioo:genomic DNA可能有残留 但引子设计有跨exon了.. 11/18 09:35
※ 编辑: bbiioo 来自: 111.252.239.8 (11/18 09:39)
15F：→ blence:请考虑产品长度,跨的intron长度说一下比较好讨论,有些intro 11/18 11:47
16F：→ blence:才100~200bp,不是有跨就没问题 11/18 11:50
17F：→ blence:另外是你做了几次,换cell line? 定序了没? 11/18 11:55
18F：→ bbiioo:恩 因为是不同cell line不同基因都有这现象 11/18 21:58
19F：→ bbiioo:我会再比对看看 11/18 21:59