作者blence ( )
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标题Re: [求救] MboII 限制酶切CYP1A2*2 SNP
时间Sat Nov 9 03:53:19 2013
1.CYP1A2 accession number? gene? mRNA?
请上NCBI查询
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene
2.CYP1A2*2 (63C>G)跟CYP1A2*1F (-164A>C) 用google就有了
*2是指exon2, 另一个则是ATG往前数,已经越来越少人用这样的标示
现在都直接取rs number来表示SNP位置
像前者是rs56160784,後者是rs762551
也请直接上
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ 查询相关资讯
3.你们使用的MboII应该可以看出厂牌
不清楚可以参考NEB这家公司的网页说明
https://www.neb.com/products/r0148-mboii
4.如果你方便查rs56160784,可以知道两侧的序列是5'-CCATCTT(C/G)TGCCT-3'
这样应该可以判断若MboII有作用,C allele是不是符合你们看到的结果了
顺带一提,rs56160784的确没有MAF资料,连1KGenome也没有
而rs762551的MAF则有0.4左右
你们的样本是有可能观察到这个SNP存在
※ 引述《tirecake (Allo le monde)》之铭言:
: 各位科学家大家好
: 我们班上实验课最近在测班上同学的CYP1A2是否有SNP "CYP1A2*2"(63C>G)
: 做PCR夹出含有SNP片段之後 用MboII切
: 查到MboII切 5'GAAGANNNNNNNN 3'
: ^
: 3'CTTCTNNNNNNN 5'
: 想请问
: 1) 那些N是什麽意思 我以为限制酶要找对的序列切 要很精准? N不管是啥都会切罗?
: 2) 我们要找的SNP是C>G, 但63是从哪里算起,毕竟我们primer夹出201base pair
: 如果有突变成G 会切成122+79
: 跑胶之後 发现大家都是G/G (homozygous突变!!) 各文献显示63C>G很罕见啊
: 怎会全班都突变哩
: 是不是我有误解哪部分的资讯
: 我有想把primer序列打到NCBI去看夹出来的片段 但是我还是不知道63是从哪里算起
: 这片段里也有可能有很多C
: 1-不确定human CYP1A2 accession number
: 2-我贴了整段CYP1A2序列(NCBI跟Primer3) 但我们用的primer却夹不到片段???
: (後来primer3夹到了...但是不知道怎麽使用来检查班上的突变?)
: 3-其实我们同时有夹另一段有SNP CYP1A2*1F (-164A>C) 负的位置是指promoter吗
: 我是不是要去找exon intron structure有帮助呢?
: 还要请大家帮我找我查资料的方式错在哪
: 谢谢你们
※ 编辑: blence 来自: 180.218.152.101 (11/09 03:56)
1F:推 tirecake:谢谢详细的解释 结果发现应该是多年来班上都误判 11/09 15:38
2F:→ tirecake:每年都有实验课做学生检体 多年来都判成突变 11/09 15:39
3F:→ tirecake:不过在不知道rs#的时候 是要在NCBI SNP地毯式搜索吗?y 11/09 15:40
4F:→ Bows:-164试纸ATG往前吗?,一般不是以mRNA起点为+1? 11/09 18:26
5F:→ blence:回楼上,从哪里往前是比对位置才知道,这个SNP很久了,当年不 11/09 20:33
6F:→ blence:见得知道原始TStart从哪开始,但ATG比较容易(这也是用rs好处 11/09 20:35
7F:→ blence:不知道rs可以用NCBI/SNP以gene找,有geneview列出SNP全清单 11/09 20:37