作者may87236 (慈)
看板Biotech
标题[求救] 关於de novo 组装的比对评估指标
时间Thu Oct 24 00:27:54 2013
版友好,我不是这方面的专业
因为帮老板做相关的研究所以需要查询这方面很多的知识
希望大家能够帮帮忙~
现在面临的问题是在非模式物种Gemmifera的情况下
利用velvet/Soap/Abyss三种组装软体组出contigs
目标在於用contigs与相近物种Thaliana进行比对
并得到一个整体比率以能够代表与相近物种的相似性有多高
目前尝试过BLAST.Bowtie.ALE.MUGSY等软体
但是出来的结果都是一个contigs会有一个分数
但是老板想要的是全部contigs的一个similarity分数
想问问版友们是否有这方面的知识或相关讯息@@!!!
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