感谢 george104 与我讨论，我将他的回答整理如下，方便以後版友可以了解 ============================以下是解释======================================= Bootstrap value 是一种统计上的数值 代表着若将一堆物种的同源基因片段拿去跑亲缘关系树 你看到亲缘树上有 A B 两个物种被分在一起 但你怎麽确定这样的分法是真的?? 这时 Bootstrap value 就是告诉你这种分法的可信度是多少 他的方法是 (这段就看你要不要了解) 从一组数条同源序列的资料中 (假设这组序列整理完後长度是 300 bp) 随机选取当中一排序列 (他是垂直选取喔,那种感觉就像是你拿一根吸管插进一块蛋糕) 组成一组同样长度 300 bp 的"假资料", 之後再用这组资料绘制一棵虚拟的亲缘树 再来看这棵虚拟树上, A B 两物种是不是也会在一起 重复做个几百几千次, 在统计这几百几千棵虚拟树中, A B 两物种还在一起的树有几棵 之後就变成你所看到的 Bootstrap value 再来关於你说的演化距离, 他代表 A B 两物种关系的程度为何 看法是看亲缘树上的水平距离, 垂直距离是没有意义的 你所框起来的那个部分, 你可以想像他是一条比例尺 用来表示水平距离的长度大小 ============================以下为问答整理============================ 另外我还问了 g大 一些问题 ，整理如下: 1. 你看 红色圈圈 的Bootstrap value是88 (这应该是指百分比)， 而下面却有一个100，为什麽会这样呢?为何不是 88 及 12呢? Ans: 因为每个分支的统计结果都是独立的, 不能加减乘除 画个示意图给你看, 假设有 A B C D E 五个物种, 他们的关系为 88 ------A ------l 100 l ------B ---------l l l l l 90 ------C l ------l l ------D l l ----------------------E 由图我们可以看到 A B 物种的关系很近, bootstrap value = 88 C D 两物种的关系很近, bootstrap value = 90 那相对 E 物种来说, A B C D 四个物种关系是最近的, value = 100 其实亲缘树的建构是一层一层的, 如果你看树有点吃力的话 建议当你在看整棵树的时候, 可以把他想像成 A-B 合体物种与 C-D 合体种 他们的关系是很靠近的, 有 bootstrap value = 100 去支持 这代表, 不管你做多少组"假资料", 所绘制出来的虚拟树都是呈现相同的结果 然後你在一层一层的解析下去, 你就知道这个亲缘树要告诉你什麽了 2. 我想知道 怎麽判断 A跟 B 是 在同一分支上呢? 是看序列的相似性还是? 我的意思是指 -----A ---- | -----B Ans: 其实是看你所用的同源基因片段序列片段的相似性 相似性越高, 当程式在运算时就越有可能将他们分在一块 3. 演化距离怎麽看? Ans: 画个示意图给你看, 假设有 A B C D E 五个物种, 他们的关系为 88 ------A ------l 100 l ------B ---------l l l l l 90 ------C l ------l l ------D l l ----------------------E 0.1 假设 演化距离 是 |-----| ==> 假如我想知道 A C 两物种的关系有多远 那他的演化距离就是标红色的线条(就是我所谓的水平距离)加起来的长度 ==============================以下是附注============================== 另外，最近狂犬病很夯，而防检局也使用了分子演化分析来比较不同地区狂犬病毒的 亲缘关系，然後刚好看到有一篇文章也在介绍 分子演化树(又称系统发育树) 文章在此 http://0rz.tw/jMBrJ -- 当他们关掉MegaUpload的时候， 我保持沉默；我还有FileSonic。 当他们关掉FileSonic的时候， 我保持沉默；我还有FileServe。 当他们关掉FileServe的时候， 我保持沉默；我还有MediaFire。 当他们关掉MediaFire的时候， 我保持沉默；我还有BT。 当他们关掉BT伺服器的时候， 我已一无所有了。 --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 140.120.104.161 ※ 编辑: TW185930 来自: 140.120.104.161 (08/07 22:57)