作者yufw1023 (主科爆爆虫)
看板Biotech
标题[求救] DNA粗萃取的跑胶结果
时间Tue Aug 6 15:02:46 2013
我又来求救了QQ
我用了很粗糙的方式萃取了虾子的DNA
protocol如下
1. 取约一米粒大小的虾肉至於1.5ml的tube中
2. 加入lysis buffer300 μl，混合均匀之後，静置一晚(或水浴60度2-3hr)
3. 加入酚-氯仿(1:1混合液)500μl，上下翻转100回
4. 离心4500rpm,15min
5. 抽取上层澄清液，移至新的tube
6. 重复phenol-chlorform extraction 一遍
7. 加入95%酒精，至1.5ml
8. 冷却至-20度，至少2hr，最好过夜
9. 离心10000rpm,3min
10. 缓缓倒出酒精，留下pellet
11. 在试管架上倒置tube，晾乾酒精
12. 以300μl TE buffer回溶
上面的lysis buffer就是STE buffer +10% SDS buffer
除此之外完全没有其他处理
我想请问的是，这样萃出来的东西
是不是应该包含RNA跟DNA?
(上面步骤都没有RNAse，RNA应该不会被去掉?
然後
我又拿这样抽出来的东西去跑0.8%的胶，
会看的到东西跑出来，如图
http://ppt.cc/8hF5 (最左边是marker)
下面那些很大坨的是不是RNA?(老师说DNA大到根本跑不出well)
另外，右边的四个lane在well下端都有个稍微像band的东西，那是甚麽?
感谢大家> <
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.116.101.103
1F：推 milkpa:maker以上的band比较像genomic DNA，下面一大陀应是RNA无误 08/07 11:59
2F：→ milkpa:，smear应该是蛋白质，太脏了，可以再过一两次phenol/chlor 08/07 12:00
3F：→ soom:补充，若是担心phenol残留，可以多过一次chloroform 08/07 22:41
4F：推 leoblack:通常这样的genomicDNA不是会跑大片胶,且同时try不同处理? 08/08 09:49
5F：→ leoblack:ex分好几组不同RE treat,或用sonication震断跑,来印证是 08/08 09:50
6F：→ leoblack:否是genomicDNA ?! 08/08 09:50