作者yufw1023 (主科爆爆虫)
看板Biotech
标题[求救] 电泳跑genomic DNA
时间Tue May 28 01:26:22 2013
发问时请注意，若是要问实验相关的问题，请将实验的步骤、所用的条件大致列出
以方便板友帮您追踪问题
----请将上列注意事项以 ctrl + k 删除後开始编辑文章----
我最近抽虾子的genomic DNA，是那种最原始、完全没有加工过的genomic DNA
就只是把它抽出来而已。抽完之後有测他的浓度，後来控制在大约500ng/μl
所以应该是有抽出东西的。只是下去跑了却几乎全部都跑不出来，
有几条完全卡在well里面...(我这次用的agrose是0.8%的
想问问看有甚麽解决方法?只要把gel的浓度在调低一点就好了吗?
印象中一般也只能到200bp，那麽大的genomic DNA也行吗?
因为这不是研究室的实验，只是个要给高中生体验抽动物DNA的"体验"
不需要要求保持DNA的完整性，但也希望不要太复杂方法
我们不太希望加限制酶去乱切(RE对我们来说不是很容易取得
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.116.118.170
1F：→ blence:你期望直接抽出来的gDNA跑0.8%出来应该要怎样？ 05/28 01:31
2F：→ xxtomnyxx:你用多少的 DNA 下去跑啊？ 05/28 01:47
3F：→ xxtomnyxx:可以试试看 GAPDH 的 PCR 阿..... 05/28 01:47
4F：→ xxtomnyxx:(不过我不知到虾子的 GAPDH primer 是不是一样) 05/28 01:47
5F：→ nike77114:你可以先说看看虾子的gDNA大小是多少?然後预期跑到哪阿 05/28 09:00
6F：→ williamyang:不用RE,可以超音波. 05/28 14:44
7F：→ sylvialalala:我的动物genome size500Mb直接跑1%看得到band喔 05/28 20:29
8F：→ sylvialalala:有的时候nanodrop测的浓度不太准,我有试过测200ng/ul 05/28 20:30
9F：→ sylvialalala:但跑胶还是什麽都看不到～後来发现是抽的quality不好 05/28 20:30
我是希望他能跑出well就好，因为loading dye的第一条颜色也跑到倒数第二条线
以期望来说应该会出现很长的一条，不要求能看出甚麽所以然
只是想让学员知道有东西跑出来就好(体验跑电泳的过程为主要目的
p.s.一个well是跑12μl大约200ng DNA的量
※ 编辑: yufw1023 来自: 140.116.118.170 (05/29 01:05)
10F：→ blence:你期望跑出well,应该知道gDNA多大,0.8%要跑多久才跑得出来 05/29 02:40
11F：→ blence:用loading dye对比gDNA,不觉得你的条件留在well是合理的吗? 05/29 02:42
12F：→ blence:你得多了解跑胶多少％能观察多少size,才不会实验讲解卡卡的 05/29 02:48
因为我知道最多的是0.3%的agrose可以分离的范围是5~60k
感觉这也不足以跑动辄几百m的gDNA?
※ 编辑: yufw1023 来自: 140.116.118.170 (05/29 13:01)
13F：→ xxtomnyxx:我抽小鼠的 gDNA 跑胶，在 marker 很上面有一条 band 我 05/30 00:44
14F：→ xxtomnyxx:就当它是成功了..... 05/30 00:44
15F：推 CD133:如果只要体验，让学生抽完後看到一团丝状DNA应该就很好玩了 05/31 15:41
16F：推 CD133:不然就抽transform plasmid DNA的细菌好了，应该容易一些 05/31 15:43
因为想让他们学到比高中更多这类的实验，所以还是想跑个电泳
我们弄不到这麽多的plasmid DNA的材料，而且之前我有提过还是被否决了
※ 编辑: yufw1023 来自: 140.116.118.170 (06/03 01:02)
17F：推 puec2:剥虾壳再抽试试看 06/05 11:40