作者LintongBis (Bis)
看板Biotech
标题[求救] 实验新手求问序列正反接问题
时间Tue May 7 17:36:01 2013
今天被老师问了一个问题
如果我今天做了blunt end的cloning,
要怎麽知道insert是正接还是反接?
我想到的是(1)拿去送定序,再alignment比对
可是定序只要定预计插进去的CDS区就好吗?还是全部insert(primer全长)都要比对?
(2)拿去切酵素,切完酵素之後跑胶看insert掉下来的位置?
(3)定序定整个cloning(感觉不可行..)
恳请高手赐教谢谢
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 210.60.122.200
1F：→ a90648:你可以先了解一下，正接和反接哪边会不一样 05/07 17:41
应该只有序列不同吗?(猜测..)
2F：→ storm780121:forward plasmid primer + reverse insert primer 05/08 00:18
意思是我可以将cloning抽出来後以forward plasmid primer + reverse insert primer
定序确认吗?
3F：推 joseph103331:定序好啊 有钱的话... blunt end酵素不见得能切 05/08 23:35
4F：推 nike77114:insert上面选个切位，plasmid上面选个切位先确认 05/09 08:50
可是可以被酵素切断不就只是证明我有clone成功,
还是不知道他是正接反接?
※ 编辑: LintongBis 来自: 175.181.110.202 (05/09 23:06)
5F：推 tiffan1118:可是你可以知道长度 就可以判断 选unique的 05/10 00:10
6F：→ storm780121:我好像没说清楚 用plasmid上 头的primer当forward + 05/10 21:53
7F：→ storm780121:insert内用尾巴的primer当reverse 05/10 21:55
8F：→ storm780121:可以p出来就是对的colony p不出来就是接反or杂菌 05/10 21:55
9F：→ storm780121:P出来的大小也要稍微看一下 negative control也要摆 05/10 21:56