作者otneiv (oleic)
看板Biotech
标题关於Methylation Primer 设计
时间Wed Feb 27 16:24:15 2013
想请问一下 关於MethPrimer这个程式所设计出来的PRIMER
我是用Pick primers for bisulfite sequencing PCR or restiction PCR 这个选项
来设计PRIMER
在输入完序列 按下Submit後 会出现程式设计好的PRIMER
想问的是: 为什麽它所设计出的PRIMER 仅有A T G三个硷基?(Forward primer)
我知道 当没有甲基化的C经过bisulfite处理後会变成U(T)
可是在DNA中 应该不会所有的C都没有被甲基化吧!
那这样程式设计出来的PRIMER 我需要去做更动吗?
谢谢大家
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 203.71.2.84
※ 编辑: otneiv 来自: 203.71.2.84 (02/27 16:29)
1F：推 cindychangn:我想是因为这种primer不能包含可能被甲基化的CpG site 02/28 14:33
2F：→ cindychangn:所以所有的C理论上在处理後会转成U。 02/28 14:34
3F：→ otneiv:对耶!有这种可能说不定! 感谢~ 先试试看软体设计的结果如何 02/28 22:06
4F：推 jeffsu:msp是在primer上设计有甲基化的位置 03/01 20:33
5F：→ jeffsu:但BSP是要看这段序列上的甲基化程度 03/01 20:33
6F：→ jeffsu:要是他有甲基化位置 你根本不知到要怎麽设计 03/01 20:34
7F：→ jeffsu:所以一般设计BSP的primer会避开甲基化的位置 03/01 20:35
8F：推 jeffsu:而MSP则是由PCR产物的有无判别是否有甲基化 03/01 20:40
9F：→ otneiv:感谢指导!! 03/03 19:54