谢谢大家的解惑，但我仍然有问题XDD 若我点了NM_000118进去，我不点View table of miRNA site 我直接看下面conseved跟poorly conserved 的两个表格， 请问我该怎麽选择哪一个是比较好拿来当做target我的CD105的miRNA， 因为他有好多参数: 像是site-type contri- bution，3' pairing contri- bution... 我点进去看他的定义之後，他会说选负值越高的越好... 但那麽多个参数，到底哪个要优先看? 我後来去网路上查，他说context score 针对前面几个因子做 运算分析，意思是我只要看context score越负越好? 但後面又有context+ score percentile(>90是较好的?) 不好意思，说的很乱，我想问的是用什麽判断依据去选择是合适的miRNA 另外，从这边判断出来之後，我是否得找其他的网站反向去找这段miRNA 是否真的会target到CD105? 谢谢大家...超新手...> < ※ 引述《RickyKckao (RickyKckao)》之铭言： : : 补充问题: 目的: 以CD105(human)为例，我想要找到可以target它的miRNA : : 过程 我先利用 Entrez database去找他的gene symble :ENG : : 然後 我到 targetscan 首页 : : 在2. Enter a human Entrez Gene symbol : 输入ENG : : Q1 但在3 的地方我不知道该选什麽，但我看了 : : broadly conserved/ conserved* /poorly conserved : : 差异，在这个地方我该怎麽选 我还是没头绪 : : 是要选broadly conserved嘛? : 选broadly conserved就好 : miRNA target site的序列在物种间可能有保留性 : 你选择conserved的话只会显示target site在物种 : 间距保留性的miRNA出来 : : Q2 假设在step3 都不选，直接按 submit 进去 : : 出现了两个 NM_000118 (905 nt) : : NM_001114753 (670 nt) : : 我却不知道该怎麽判断哪一段好，是选较长的嘛? : 出现两个以上的原因是该gene可能有alternative : splicing, 你可能要确定你要看的gene转录出来大 : 多是哪一个 : : Q3 然後假设点了NM_000118进去後，再来是挑选 mi-RNA : : 应该是要选conserved 吧， conseved 应该会比poor conseved的好 : : 但为什麽他的网站还要列出poor-conseved? : conserved代表在物种演化上, 该miRNA的调控辩演重要角色 : 所以该段target sequence被保留下来, 的确这样看起 : 来只看conserved是比较有意义的, 但是有时候再演化过 : 程中可能演化出新的miRNA调控, 而且对target gene的 : 调控有扮演重要角色, 可是这样的调控在其他物种却看不到 : 我建议点进去NM_000118後, 点上方的[View table of miRNA sites] : 把所有有可能的miRNA用table列出来, 可样比较方便看 : 另外不要只用一个prediction tool : 不同的tool演算法不同 出来的结果也不大相同 : tool上显示出来的miRNA并不一定真的会target : 没显示出来的也不代表就不会 : 毕竟都只是prediction 仅供参考而已 --

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