: 补充问题: 目的: 以CD105(human)为例，我想要找到可以target它的miRNA : 过程 我先利用 Entrez database去找他的gene symble :ENG : 然後 我到 targetscan 首页 : 在2. Enter a human Entrez Gene symbol : 输入ENG : Q1 但在3 的地方我不知道该选什麽，但我看了 : broadly conserved/ conserved* /poorly conserved : 差异，在这个地方我该怎麽选 我还是没头绪 : 是要选broadly conserved嘛? 如果是做人类miRNA，其实conservation的资讯影响不很大。 只是因为non-coding RNA如果在各物种间的功能一致，一般认为较不受生物 多样性影响。所以通常3.这细目我是不设定。 : Q2 假设在step3 都不选，直接按 submit 进去 : 出现了两个 NM_000118 (905 nt) : NM_001114753 (670 nt) : 我却不知道该怎麽判断哪一段好，是选较长的嘛? 这两个accession分别是： NM_000118.2 endoglin isoform 2 precursor (S-endoglin) NM_001114753 endoglin isoform 1 precursor (L-endoglin) 你可能要先看看你要的是哪一段mRNA。 : Q3 然後假设点了NM_000118进去後，再来是挑选 mi-RNA : 应该是要选conserved 吧， conseved 应该会比poor conseved的好 : 但为什麽他的网站还要列出poor-conseved? 通常TargetScan预测的broadly conserved miRNA in vertebrates会直接显示在 最上面那条蓝蓝棒子(indicates 3'UTR of your interested mRNA)上 如果没有，则表示加权分数都未达该网站预测的阈值。 下方的list则是seed seq的比对，由於miRNA对mRNA的影响除了完全辨识接合 seed seq之外，也可以接受mismatch然後进入p-bodies(not gonna be degraded) 所以有一定机率在这个list上的miRNA也会有功能。 当然也不用对结果太失望，你可以尝试其他网站。 PicTar, microRNA.org, DIANA-mT, 等等，另外也有些网站帮你蒐集各大站的结果 例如mirDIP( http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/search.jsp )等。 如有任何错误还请各位先进不吝指教罗~祝你好运 --

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