: 补充问题: 目的: 以CD105(human)为例，我想要找到可以target它的miRNA : 过程 我先利用 Entrez database去找他的gene symble :ENG : 然後 我到 targetscan 首页 : 在2. Enter a human Entrez Gene symbol : 输入ENG : Q1 但在3 的地方我不知道该选什麽，但我看了 : broadly conserved/ conserved* /poorly conserved : 差异，在这个地方我该怎麽选 我还是没头绪 : 是要选broadly conserved嘛? 选broadly conserved就好 miRNA target site的序列在物种间可能有保留性 你选择conserved的话只会显示target site在物种 间距保留性的miRNA出来 : Q2 假设在step3 都不选，直接按 submit 进去 : 出现了两个 NM_000118 (905 nt) : NM_001114753 (670 nt) : 我却不知道该怎麽判断哪一段好，是选较长的嘛? 出现两个以上的原因是该gene可能有alternative splicing, 你可能要确定你要看的gene转录出来大 多是哪一个 : Q3 然後假设点了NM_000118进去後，再来是挑选 mi-RNA : 应该是要选conserved 吧， conseved 应该会比poor conseved的好 : 但为什麽他的网站还要列出poor-conseved? conserved代表在物种演化上, 该miRNA的调控辩演重要角色 所以该段target sequence被保留下来, 的确这样看起 来只看conserved是比较有意义的, 但是有时候再演化过 程中可能演化出新的miRNA调控, 而且对target gene的 调控有扮演重要角色, 可是这样的调控在其他物种却看不到 我建议点进去NM_000118後, 点上方的[View table of miRNA sites] 把所有有可能的miRNA用table列出来, 可样比较方便看 另外不要只用一个prediction tool 不同的tool演算法不同 出来的结果也不大相同 tool上显示出来的miRNA并不一定真的会target 没显示出来的也不代表就不会 毕竟都只是prediction 仅供参考而已 --

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