大家好，小弟我在这里想要跟大家分享一下自己最近出版的一本书 关於生物资讯入门、高通量定序、计算流程建立、GPU还有云端运算。 有监於自己研究的经验，还有感受到学弟妹初入门生资的痛苦。 可能是因为生物背景，或者资讯领域经验有限，所以对Server的操作不熟悉。 尤其是Linux方面的使用，会非常痛苦。 所以我从Linux的使用开始讲起，讲解只要会的Linux指令就好。 另外高通量定序是这几年的发展重点，也是我研究时的项目。 这本书提到了基本的资料分析处理，从资料的基本型态讲起。 进一步提到大致的操作流程，例如QC、Trim等内容。 GPU的使用也独立为一个章节，介绍生资如何应用与安装设定，也谈到现阶段瓶颈。 计算流程的部份在後面章节有提到，用Shell Script串起整个分析流程。 剖析一个成功运作的Script要怎麽做，包含变数设定等概念，并提及除错技巧。 期望读者可以建立一个可执行且高维护性的计算流程。 最後是云端在生物资讯的应用，先从Amazon的AWS服务说明。 为什麽云端有优势？对生物计算的发展有什麽实质意义？ （最近有不少生资的Paper，都选在AWS上面发展工具） 然後切入到Galaxy这个开放式的生物资讯平台。 该怎麽建立与设定伺服器，自己调整参数与加入其他工具模组。 当然，怎麽使用与在上面建立与分享计算流程也有详解。 基本上全书由浅而深，从文字介面到图型化操作，都有图解Step by step。 加上基本的理论、概念说明，附上参考的选读Paper。 这本书有经过阳明大学生资所的李国彬老师校阅。 在校阅的过程中，李老师很详细的读过与「除错」。 挑出语意不清或者容易引起生物人误会的地方。 他本身的程式设计专业（他有开课），也叮咛我很多技术细节。 初稿也有请台大的生物相关科系研究生看过，没有太多的障碍、可以接受。 相信可以满足生物资讯学习者的基本需要。 所以诚心的跟大家推荐我自己写的书 生物人的电脑教室：高通量定序分析一次搞定 目前先采数位发行的方式，以Zinio发行，支援跨平台阅读。 FB专属页面 https://www.facebook.com/BioinformaticsForStarters 会持续分享生物资讯相关讯息与工具、技术。希望一起交流分享。 我也会放上一些章节让大家试读。 Zinio购书页面 http://macp.ro/binfo 谢谢 =====本书的目录===== 推荐序 自序 导读 Chapter1 准备工作 1.1 从采购新电脑谈起 1.2 运算伺服器的设定 1.3 建立远端连线 Chapter2 基本Linux指令介绍 2.1 没有要你当Linux专家 2.2 资料夹的操作 2.3 档案的操作 2.4 权限的指派分配 2.5 了解系统状态的相关指令 2.6 其他实用指令介绍 Chapter3 序列品质检查 3.1 浅谈高通量定序 3.2 高通量定序的先天问题 3.3 关於品质分数的标准 3.4 实战品质校验 Chapter4 序列比对 4.1 序列比对的意义 4.2 选择序列比对工具 4.3 序列比对的实际操作 4.4 序列比对结果转档 4.5 使用基因体浏览器 Chapter5 绘图卡辅助运算 5.1 绘图卡的计算优势 5.2 绘图卡运算的业界标准与使用 5.3 生物资讯的实际应用 5.4 成效有限的理由 Chapter6 研究流程建立 6.1 实现计算全自动 6.2 编写脚本语言 6.3 测试与除错 6.4 实作案例分享 6.5 常见失败案例分析 Chapter7 云端图型化 7.1 浅谈云端架构 7.2 Amazon云端平台 7.3 开放式生物计算云端平台 7.4 安装与设定自己的Galaxy伺服器 附录 附录1 研究生入门：准备期刊文献报告 附录2 生物资讯研究相关文献检索 附录3 简单的资料处理实务 -- http://blog.leezhenyu.com Technology, Study, Food, Travel --

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