作者hsjrio (hsjrio)
看板Biotech
标题[求救]关於 Codon Optimization
时间Tue Nov 6 14:23:55 2012
我们想将一个昆虫的基因送到脊椎动物的细胞中表现
初步测试的结果效率不佳
老板说跨物种的话可能会有codon 使用的偏好性
所以要做codon optimization
我在NCBI的Codon Usage Database中找出脊椎动物的Codon Usage 列表
然後再根据每个胺基酸其对应的codon偏好,按照比例(例如:GAU 用的多 GAC用得少)
将昆虫的基因换成脊椎动物偏好的codon
最後再拿去作全基因合成
http://www.kazusa.or.jp/codon/cgi-bin/showcodon.cgi?species=7955
假设
UUU 18.2 (146007)
UUC 20.8 (166990)
中间是频率,最後括弧的部分是样本数
我目前的作法是把昆虫会转译成Phe的序列都找出来
然後根据上面的数据把codon换成大约一比一的比例
另外请教为什麽两个加起来不会等於100%???
想请教各位这样的做法行的通吗
还是有更好的方法可以做
感谢^^X
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.121.71.124
1F：→ jsi:网页里写frequency: per thousand,分母不是只有这两个codon 11/06 15:52
2F：推 jsi:网路上有许多免费codon optimization program/tool可使用 11/06 16:06
3F：→ hsjrio:我是要做斑马鱼,但找了几个软体好像都没有斑马鱼的database 11/06 16:41
6F：→ hsjrio:感谢J大指教~ 11/08 12:05