作者ckr (琴心)
看板Biotech
标题Re: [求救] 请教realtime PCR 定量
时间Tue Jun 5 19:43:47 2012
: 推 qqmango:请见jcb的好文error bars in experimental biology 06/05 15:21
: 推 qqmango:那样仍只是看你的操作再现性而已 06/05 15:23
: → blence:不同意楼上,因为一次做六只老鼠,跟分两次做三只老鼠量血压 06/05 17:38
: → blence:没有理由前面是n=1,後面n=2,像这样应该都是n=6 06/05 17:40
: → blence:你认为不妥的例子应该是一只测量六次跟两只各测三次 06/05 17:42
: → blence:之前已经说过了,一个QPCR值连续读十次,对做实验还是n=1,但 06/05 17:44
: → blence:对机器与侦测精准度n=10,究底就是每个人立场看待n值有差异 06/05 17:48
: 推 qqmango:请见该文章,我想这样争论没什麽意义,对得起自己的数据就 06/05 18:20
: → qqmango:好 06/05 18:20
首先谢谢q大提供JCB这篇好文章
如果我们假设今天的细胞跟明天可能存在差异,那麽一次六重复跟六次一重复相比,六次
一重复才是n=6。
Cumming et al在文章里的主张是"For n to be greater than 1, the experiment would
have to be performed using separate stock cultures, or separate cell clones of
the same type. "
这两个主张里头,後者是做多个细胞株,很多论文都有这种设计。而前者separate stock
cultures 好像有点奇怪?因为追根究底,我们的细胞株多半来自单一stock(如ATCC)。
如果所谓不同stock指的是不同passage,那麽确实是值得推广的,因为许多细胞在经过
passage之後会逐渐改变phenotype,而这个现象常被忽略。
至於b大所不同意的动物实验问题,JCB这篇并没有详细叙述。如果我们预期同一群动物今
天跟明天没有差异,那麽今天量六只跟今天量三只明天量另外三只并没有差异,但理论上
来说一天六只的差异可能会比较小,因为气温、时间点、操作者、甚至机器都可能比较一
致。
另外JCB这篇没有点到的问题是,为什麽在n值如此小的时候,实验生物学家还是选择使用
parametric的方法来做描述(mean, SE)跟分析(t-test, ANOVA),而不是选用
non-parametric的方法(median, IQR等)。l大的看法是大家将错就错,不知道其他板友的
看法如何?
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◆ From: 184.57.23.82